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- PDB-8h2f: Crystal structure of DnaQ domain in complex witn TMP of Streptoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2f
タイトルCrystal structure of DnaQ domain in complex witn TMP of Streptococcus thermophilus strain DGCC 7710
要素DnaQ
キーワードLYASE / nuclease
機能・相同性THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.448 Å
データ登録者Chen, Q. / Yu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)111111 中国
引用ジャーナル: Innovation (Camb) / 年: 2023
タイトル: DnaQ mediates directional spacer acquisition in the CRISPR-Cas system by a time-dependent mechanism.
著者: Dongmei Tang / Tingting Jia / Yongbo Luo / Biqin Mou / Jie Cheng / Shiqian Qi / Shaohua Yao / Zhaoming Su / Yamei Yu / Qiang Chen /
要旨: In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been ...In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been implicated in both processing the prespacer and determining the spacer orientation. In Cas4-lacking systems, host 3'-5' DnaQ family exonucleases were recently reported to play a Cas4-like role. However, the molecular details of DnaQ functions remain elusive. Here, we characterized the spacer acquisition of the adaptation module of the type I-E system, in which a DnaQ domain naturally fuses with Cas2. We presented X-ray crystal structures and cryo-electron microscopy structures of this adaptation module. Our biochemical data showed that DnaQ trimmed PAM-containing and PAM-deficient overhangs with different efficiencies. Based on these results, we proposed a time-dependent model for DnaQ-mediated spacer acquisition to elucidate PAM removal and spacer orientation determination in Cas4-lacking CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9234
ポリマ－20,5521
非ポリマー3713
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.139, 96.139, 61.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DnaQ


分子量: 20551.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM ammonium sulfate, 36% (w/v) PEG8000, 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.448→50 Å / Num. obs: 37677 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.487.90.80118790.7630.2950.8560.93999.8
1.48-1.59.20.7118840.8530.2440.7520.95799.9
1.5-1.539.70.64519210.8720.2160.6810.963100
1.53-1.569.80.54818570.9040.1830.5790.96599.9
1.56-1.69.30.48118890.9080.1650.509199.8
1.6-1.639.10.40418750.9240.1410.4290.986100
1.63-1.6710.70.37618430.9520.120.3951.023100
1.67-1.7210.70.31919200.9680.1020.3351.023100
1.72-1.7710.70.27518880.9710.0880.2891.013100
1.77-1.8310.70.23218650.9770.0740.2441.028100
1.83-1.8910.60.19918830.9830.0640.2091.046100
1.89-1.9710.60.16219110.9870.0520.171.03999.9
1.97-2.0610.40.13718680.9910.0440.1441.04299.9
2.06-2.179.80.11918850.9920.040.1251.03899.9
2.17-2.39.20.10318990.9910.0360.1091.006100
2.3-2.4811.10.09918920.9940.0310.1031.028100
2.48-2.73110.0918640.9950.0280.0940.979100
2.73-3.1210.90.08418930.9950.0270.0880.992100
3.12-3.9410.20.07518780.9960.0250.0790.94899.9
3.94-5010.90.07218830.9950.0230.0760.91199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IJ53

解像度: 1.448→24.713 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1881 1090 2.92 %
Rwork0.1755 36270 -
obs0.1759 37360 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.85 Å2 / Biso mean: 23.8856 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.448→24.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 70 217 1692
Biso mean--39.61 32.64 -
残基数----172
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.448-1.51340.30271040.2678427593
1.5134-1.59320.23941190.22414588100
1.5932-1.6930.2251890.20844618100
1.693-1.82360.22091350.20084563100
1.8236-2.00710.20591480.18764572100
2.0071-2.29730.16851660.16684567100
2.2973-2.89370.17141480.16354556100
2.8937-24.7130.17781810.15274531100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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