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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h2d | ||||||
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タイトル | The hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis mutant - E47A | ||||||
要素 | Uncharacterized protein Rv1546 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RNase | ||||||
機能・相同性 | Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START-like domain superfamily / plasma membrane / Uncharacterized protein Rv1546 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, D.H. / Na, Y. / Lee, B.J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023 タイトル: Domain swapping of the C-terminal helix promotes the dimerization of a novel ribonuclease protein from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Kim, D.H. / Na, Y. / Chang, H. / Boo, J.H. / Kang, S.M. / Jin, C. / Kang, S.J. / Lee, S.Y. / Lee, B.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h2d.cif.gz | 79 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h2d.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h2d_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h2d_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8h2d_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h2d_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h0hSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15497.699 Da / 分子数: 2 / 変異: E47A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1546, MTCY48.19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WLU7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate and 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 6247 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.81 % / Biso Wilson estimate: 87.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.07 Å / Num. unique obs: 970 / CC1/2: 0.886 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8H0H 解像度: 2.9→33.86 Å / SU ML: 0.2497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.3853 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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