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- PDB-8h2c: Crystal structure of the pseudaminic acid synthase PseI from Camp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2c
タイトルCrystal structure of the pseudaminic acid synthase PseI from Campylobacter jejuni
要素Pseudaminic acid synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Pseudaminic acid synthase / TIM barrel fold / Type III antifreeze-like domain / condensation reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudaminic acid synthase / carbohydrate biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Pseudaminic acid biosynthesis, PseI / N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / NeuB family / SAF domain / SAF domain / SAF / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pseudaminic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song, W.S. / Park, M.A. / Ki, D.U. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1I1A1A01047141 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of the pseudaminic acid synthase PseI from Campylobacter jejuni.
著者: Song, W.S. / Park, M.A. / Ki, D.U. / Yoon, S.I.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudaminic acid synthase
B: Pseudaminic acid synthase
C: Pseudaminic acid synthase
D: Pseudaminic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,1758
ポリマ－156,9554
非ポリマー2204
水86548
1
A: Pseudaminic acid synthase
B: Pseudaminic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5874
ポリマ－78,4782
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
2
C: Pseudaminic acid synthase
D: Pseudaminic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5874
ポリマ－78,4782
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.805, 176.805, 99.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
31(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...
41(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA28
12METMETPHEPHE(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 3427 - 348
13METMETPHEPHE(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 3427 - 348
14METMETPHEPHE(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 3427 - 348
15METMETPHEPHE(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 3427 - 348
21GLNGLNGLNGLN(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB28
22METMETPHEPHE(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3427 - 348
23METMETPHEPHE(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3427 - 348
24METMETPHEPHE(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3427 - 348
25METMETPHEPHE(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3427 - 348
31GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC2 - 48 - 10
32ASNASNASNASN(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC511
33METMETPHEPHE(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC1 - 3427 - 348
34METMETPHEPHE(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC1 - 3427 - 348
35METMETPHEPHE(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC1 - 3427 - 348
36METMETPHEPHE(chain C and (resid 2 through 4 or (resid 5...CC1 - 3427 - 348
41GLNGLNTHRTHR(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 88 - 14
42ASPASPLYSLYS(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD9 - 1015 - 16
43GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
44GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
45GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
46GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
47GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
48GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
49GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
410GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
411GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
412GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348
413GLNGLNPHEPHE(chain D and (resid 2 through 8 or (resid 9...DD2 - 3428 - 348

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要素

#1: タンパク質
Pseudaminic acid synthase


分子量: 39238.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: pseI, FRQ26_09070 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7NV50, pseudaminic acid synthase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, lithium sulfate, Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 35895 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1787 / CC1/2: 0.39 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alpha fold2 model

解像度: 2.9→30 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 1741 5.03 %
Rwork0.2446 32862 -
obs0.2472 34603 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.73 Å2 / Biso mean: 46.8057 Å2 / Biso min: 4.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10251 0 4 48 10303
Biso mean--39.17 23.66 -
残基数----1357
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5697X-RAY DIFFRACTION10.702TORSIONAL
12B5697X-RAY DIFFRACTION10.702TORSIONAL
13C5697X-RAY DIFFRACTION10.702TORSIONAL
14D5697X-RAY DIFFRACTION10.702TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-2.98530.41491390.3401272598
2.9853-3.08150.36031490.3211272099
3.0815-3.19160.36551300.2944274899
3.1916-3.31920.32471430.2699273498
3.3192-3.470.28491380.274274198
3.47-3.65260.34471330.2653271598
3.6526-3.8810.37531290.2951269395
3.881-4.17990.28081610.2356262694
4.1799-4.59910.27281480.2258266094
4.5991-5.26140.22431500.1929267594
5.2614-6.61640.26791610.2175281298
6.6164-29.4690.23711600.1883013100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.21910.41150.15442.86340.28142.0062-0.1595-0.60630.078-0.27-0.1027-0.3621-0.20380.02050.25650.32670.03850.12480.3670.01660.273763.824943.128110.0248
23.37380.79480.44042.46311.58012.0246-0.1380.0037-0.2054-0.01580.1768-0.43780.04350.315-0.00420.26580.00670.00240.4098-0.04780.358271.580255.60316.8258
31.94881.2708-0.61555.2377-1.58444.28230.1518-0.20540.22-0.1277-0.18750.1212-0.1005-0.0417-0.04370.15460.01710.0230.3038-0.05210.345252.589154.887220.9273
46.8881-0.2622-2.02973.09610.78663.4483-0.1876-0.1811-0.39340.50410.0136-0.71470.81460.44460.17210.36030.0828-0.01170.35480.09410.417159.77636.49718.922
54.8053.29931.01995.20581.05771.1379-0.202-0.07390.209-0.28180.05350.68250.2170.00360.19030.31480.04550.01640.3344-0.02510.238111.958415.255414.7496
63.03250.30160.97420.7090.24682.71460.1789-0.01380.4304-0.0608-0.4285-0.29170.10350.18220.19220.4447-0.07240.01640.46420.22740.526736.123819.216537.0915
71.93310.06711.54460.80981.02382.82220.2878-0.1964-0.10170.3441-0.04780.00220.4032-0.1339-0.270.5254-0.01430.06560.29270.05250.348224.4858.888330.1691
82.86811.6249-0.23751.8963-0.41351.94780.0125-0.1481-0.33190.0999-0.073-0.07250.1190.00740.04410.3480.01620.01380.20890.0540.329731.91626.973826.1495
93.73492.05420.16783.84211.84720.93680.4934-0.36680.53580.0271-0.1232-0.0614-0.45580.2199-0.35610.4394-0.0250.13230.4436-0.00280.403365.89369.958129.6632
101.4526-0.9706-2.8843.60550.03326.489-0.37650.3139-0.3698-0.72270.5203-0.3627-0.10520.1761-0.09180.4613-0.07980.0480.4155-0.24160.455171.667522.7799-49.295
113.52431.8973-1.88291.7755-0.60772.36630.25060.73480.1408-0.53830.1199-0.021-0.1072-0.1206-0.31290.50190.04060.05690.42010.03820.281676.795337.8299-48.6696
122.9434-0.2435-0.39792.9001-0.79373.2181-0.03530.2239-0.3235-0.3130.0113-0.461-0.04330.1136-0.00150.2963-0.0280.07490.2402-0.00160.41372.189127.5114-35.6399
136.49972.9698-6.17991.2029-1.9254.7812-0.10090.07550.0396-0.07610.0469-0.04360.09250.0683-0.00020.29360.0464-0.00840.38930.07420.397540.9745.692-13.4808
142.9642.4243-0.76142.03150.19591.10850.188-0.1581-0.13820.2961-0.3363-0.40490.07640.16950.15280.369-0.0048-0.04160.28820.11710.499257.90833.7763-2.9044
151.81120.7189-0.65491.7419-0.53913.19460.07830.131-0.10010.1487-0.0511-0.2226-0.0333-0.0891-0.04680.2437-0.0286-0.0290.19040.02580.416557.322913.9925-14.505
162.76511.6657-0.69524.7032-1.73920.83480.286-0.08990.2754-0.1606-0.1132-0.3314-0.17560.28-0.18610.41860.00570.14540.3466-0.03890.338183.469852.7355-41.1278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 48 )A1 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 133 )A49 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 210 )A134 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 211 through 267 )A211 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 268 through 342 )A268 - 342
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 48 )B1 - 48
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 49 through 119 )B49 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 120 through 267 )B120 - 267
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 268 through 342 )B268 - 342
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 48 )C1 - 48
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 49 through 168 )C49 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 169 through 249 )C169 - 249
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 250 through 342 )C250 - 342
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 2 through 133 )D2 - 133
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 134 through 267 )D134 - 267
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 268 through 342 )D268 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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