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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h2a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of alcohol dehydrogenase from Formosa agariphila | ||||||
![]() | Alcohol dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brott, S. / Bornscheuer, U.T. / Nam, K.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of alcohol dehydrogenase from Formosa agariphila 著者: Brott, S. / Bornscheuer, U.T. / Nam, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 547 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 8.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 117.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 153.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ljhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39490.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 15362 / KCTC 12365 / LMG 23005 / KMM 3901 / M-2Alg 35-1 遺伝子: BN863_21030 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, pH 7.5, KCl and PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 98086 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 12.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 4819 / CC1/2: 0.751 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LJH 解像度: 2.5→48.19 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.52 Å2 / Biso mean: 51.1087 Å2 / Biso min: 18.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→48.19 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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