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- PDB-8h2a: Crystal structure of alcohol dehydrogenase from Formosa agariphila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2a
タイトルCrystal structure of alcohol dehydrogenase from Formosa agariphila
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase / nucleotide binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Formosa agariphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brott, S. / Bornscheuer, U.T. / Nam, K.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Unique alcohol dehydrogenases involved in algal sugar utilization by marine bacteria
著者: Brott, S. / Nam, K.H. / Thomas, F. / Dutschei, T. / Reisky, L. / Behrens, M. / Grimm, H.C. / Michel, G. / Schweder, T. / Bornscheuer, U.T.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
E: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,27432
ポリマ－315,9208
非ポリマー6,35424
水5,188288
1
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,13716
ポリマ－157,9604
非ポリマー3,17712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area47450 Å2
手法PISA
2
E: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,13716
ポリマ－157,9604
非ポリマー3,17712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16290 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area47130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.492, 157.204, 98.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase


分子量: 39490.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Formosa agariphila (バクテリア)
株: DSM 15362 / KCTC 12365 / LMG 23005 / KMM 3901 / M-2Alg 35-1
遺伝子: BN863_21030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T2KM87, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, pH 7.5, KCl and PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 98086 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 12.78
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 4819 / CC1/2: 0.751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LJH

6ljh


解像度: 2.5→48.19 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1981 2.02 %
Rwork0.2245 96065 -
obs0.2256 98046 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.52 Å2 / Biso mean: 51.1087 Å2 / Biso min: 18.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21705 0 368 288 22361
Biso mean--49.89 45.75 -
残基数----2906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.560.331310.27836561669294
2.56-2.630.33961380.27686850698897
2.63-2.710.33511410.27296815695697
2.71-2.80.33391400.2786845698597
2.8-2.90.32611360.26416783691996
2.9-3.010.30571450.25626851699698
3.01-3.150.35271430.24716924706798
3.15-3.310.27251440.23556878702298
3.31-3.520.30441340.22986781691596
3.52-3.790.23261450.21446931707698
3.79-4.180.24381410.20526886702798
4.18-4.780.26391470.19136938708598
4.78-6.020.27851440.21417035717999
6.02-48.190.24331520.2096987713998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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