PDB-8h29: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h29

タイトル

Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum complexed with L-threonine

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum.
著者: Ikushiro, H. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Koolath, S. / Murai, Y. / Monde, K. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.

履歴

登録	2022年10月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h29.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h29.ent.gz	80.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h29_validation.pdf.gz	826.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h29_full_validation.pdf.gz	828.7 KB	表示
XML形式データ	8h29_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	8h29_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1qC 8h1wC 8h1yC 8h20C 8h21C 3a2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.083, 61.083, 207.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-765- HOH
2	1	A-799- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-2BO / N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-threonine 分子量: 350.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 70978 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / Num. unique obs: 11258 / CC_1/2: 0.967

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.45→43.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 0.971 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	7165	10.103 %
R_work	0.1446	63757	-
all	0.148	-	-
obs	-	70922	99.924 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.457 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	59	465	3551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.645	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.585	1.587	7448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.425	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.535	23.526	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.562	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.645	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.318	1.568	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.318	1.566	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.786	2.351	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.786	2.355	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.47	1.871	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.469	1.872	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.461	2.69	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.461	2.692	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.059	20.766	3904
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.058	20.775	3905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.487	0.225	531	0.194	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.487-1.528	0.22	441	0.18	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.528-1.572	0.202	496	0.165	4390	X-RAY DIFFRACTION	100
1.572-1.621	0.191	483	0.157	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.621-1.674	0.188	485	0.157	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.733	0.191	438	0.154	4055	X-RAY DIFFRACTION	99.9778
1.733-1.798	0.183	462	0.149	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.798-1.871	0.166	427	0.143	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.9758
1.871-1.954	0.169	430	0.144	3575	X-RAY DIFFRACTION	99.9501
1.954-2.049	0.181	368	0.145	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.16	0.161	380	0.144	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.291	0.176	327	0.14	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.291-2.448	0.182	336	0.138	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.448-2.644	0.169	305	0.128	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.8034
2.644-2.895	0.171	308	0.135	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.7893
2.895-3.236	0.178	270	0.142	2304	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
3.236-3.733	0.163	241	0.133	2062	X-RAY DIFFRACTION	99.8266
3.733-4.564	0.128	186	0.121	1797	X-RAY DIFFRACTION	99.7987
4.564-6.423	0.194	157	0.167	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.0518
6.423-43.23	0.181	94	0.174	875	X-RAY DIFFRACTION	99.1812

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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