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- PDB-8h28: Crystal structure of the K87V mutant of cytochrome c' from Shewan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h28
タイトルCrystal structure of the K87V mutant of cytochrome c' from Shewanella benthica DB6705
要素Class II cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c' / Shewanella benthica
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Class II cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella sp. DB6705 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Fujii, S. / Sakaguchi, R. / Oki, H. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Fujiyoshi, S. / Sambongi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26240045 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16K07692 日本
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Contribution of a surface salt bridge to the protein stability of deep-sea Shewanella benthica cytochrome c'.
著者: Fujii, S. / Sakaguchi, R. / Oki, H. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Fujiyoshi, S. / Sambongi, Y.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class II cytochrome c
B: Class II cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6114
ポリマ－28,3742
非ポリマー1,2372
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.773, 68.259, 45.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.036, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Class II cytochrome c


分子量: 14187.186 Da / 分子数: 2 / 変異: K87V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella sp. DB6705 (バクテリア)
株: DB6705 / 遺伝子: cycP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z6I6U9
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 400 mM sodium phosphate monobasic / 1600 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM imidazole / hydrochloric acid pH 8.0, and 200 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→42.18 Å / Num. obs: 15616 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.16 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 56943 / Scaling rejects: 429
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRrim(I) allΧ2% possible allRejects
2.06-2.133.610.4661.9550915280.5471.4197.9
2.13-2.223.610.4182551115260.491.3597.85
2.22-2.323.610.3542.5558115420.4151.2798.520
2.32-2.443.610.2962.9563815510.3481.2798.433
2.44-2.63.620.263.4566415540.3041.249932
2.6-2.83.620.24.5574015710.2331.2198.948
2.8-3.083.620.1326.9569715590.1551.1499.757
3.08-3.523.640.08210.6585615920.0961.0199.963
3.52-4.443.660.05116.8582015770.0590.8699.745
4.44-42.183.590.04817.8592716160.0570.8599.6126

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.9.9.8 W9DSSIデータ削減
d*TREK9.9.9.8 W9DSSIデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A3K

6a3k


解像度: 2.06→37.43 Å / SU ML: 0.273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.781
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 1549 9.94 %
Rwork0.2021 14031 -
obs0.2072 15580 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→37.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 86 179 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01322126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2972880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2869774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.130.34621390.30031242X-RAY DIFFRACTION97.8
2.13-2.20.32011390.27051264X-RAY DIFFRACTION97.84
2.2-2.290.29551360.2631258X-RAY DIFFRACTION98.24
2.29-2.390.32951420.25421274X-RAY DIFFRACTION98.06
2.4-2.520.29951420.2561263X-RAY DIFFRACTION98.8
2.52-2.680.34181390.25631269X-RAY DIFFRACTION98.88
2.68-2.890.31881410.23461277X-RAY DIFFRACTION99.3
2.89-3.180.29461410.2191290X-RAY DIFFRACTION99.51
3.18-3.630.24111450.18621290X-RAY DIFFRACTION99.86
3.64-4.580.17411460.14891304X-RAY DIFFRACTION99.79
4.58-37.430.21531390.16781300X-RAY DIFFRACTION98.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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