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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h26 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MnmM from S. aureus complexed with SAH (1.50 A) | ||||||
要素 | 16S rRNA (Cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Methyltrnasferase tRNA post-transcriptional modification MnmC mnm5(s2)U | ||||||
機能・相同性 | tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase / Putative rRNA methylase / Putative rRNA methylase / tRNA processing / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Cho, G. / Lee, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of MnmM from S. aureus complexed with SAH (1.50 A) 著者: Kim, J. / Cho, G. / Lee, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h26.cif.gz | 440.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h26.ent.gz | 363.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h26_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h26_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h26_validation.xml.gz | 45.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h26_validation.cif.gz | 65.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h26 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21964.928 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_01878 / プラスミド: pLATE31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FXG9 #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 25% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→67.09 Å / Num. obs: 104221 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.68 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.285 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5203 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.507 / Rrim(I) all: 1.382 / % possible all: 72.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold model (UniProt: Q2FXG9) 解像度: 1.5→67.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.95 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.373 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→67.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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