PDB-8h25: Lacticaseibacillus casei GH35 beta-galactosidase LBCZ_0230

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h25

タイトル

Lacticaseibacillus casei GH35 beta-galactosidase LBCZ_0230

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-galactosidase / GH35 / lacto-N-biose 1 / galacto-N-biose

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Lacticaseibacillus casei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Saburi, W. / Ota, T. / Kato, K. / Tagami, T. / Yamashita, K. / Yao, M. / Mori, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Appl Glycosci (1999) / 年: 2023
タイトル: Function and Structure of Lacticaseibacillus casei GH35 beta-Galactosidase LBCZ_0230 with High Hydrolytic Activity to Lacto- N -biose I and Galacto- N -biose.
著者: Saburi, W. / Ota, T. / Kato, K. / Tagami, T. / Yamashita, K. / Yao, M. / Mori, H.

履歴

登録	2022年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h25.cif.gz	489.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h25.ent.gz	388.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h25_validation.pdf.gz	485 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h25_full_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示
XML形式データ	8h25_validation.xml.gz	80.5 KB	表示
CIF形式データ	8h25_validation.cif.gz	110.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e8dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

277 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.384, 110.998, 120.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.015, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 593 / Label seq-ID: 2 - 593

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 68849.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lacticaseibacillus casei (バクテリア) 遺伝子: FEI12_08385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5R8LFD3
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES-NaOH buffer (pH 7.5), 10% (v/v) 2-propanol, and 200 g/L polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5121
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4879

反射

解像度: 2.29→45.9 Å / Num. obs: 108220 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.79 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.24

反射シェル

解像度: 2.29→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 17244 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E8D

4e8d

解像度: 2.295→45.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.982 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	5374	4.966 %
R_work	0.1947	102845	-
all	0.197	-	-
obs	-	108219	99.618 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	33.108 Å²	0 Å²	-16.524 Å²
2-	-	-10.218 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-22.891 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.295→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19016	0	108	368	19492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	19710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	17256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.886	1.654	26825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.317	1.565	40259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.584	5	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.791	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.583	10	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.503	10	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	16331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	9298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	10002
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.219	4.48	9473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.219	4.48	9473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.319	6.716	11836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.319	6.717	11837
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.077	4.624	10237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.076	4.623	10235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.179	6.875	14989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.179	6.875	14990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.952	54.375	21437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.944	54.303	21411
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	20169
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.051	0.05	20602
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.079	0.05	20220
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.078	0.05	20169
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.051	0.05	20633
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.079	0.05	20175

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08147	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08147	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0514	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0514	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07874	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07874	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07816	0.05011
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07816	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05109	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05109	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07919	0.05011
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07919	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.295-2.354	0.518	370	0.405	7360	X-RAY DIFFRACTION	96.7944
2.354-2.419	0.405	407	0.367	7422	X-RAY DIFFRACTION	99.9745
2.419-2.489	0.37	372	0.321	7206	X-RAY DIFFRACTION	99.9736
2.489-2.565	0.329	368	0.291	6979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.649	0.321	363	0.245	6793	X-RAY DIFFRACTION	99.9162
2.649-2.742	0.313	349	0.242	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.742-2.846	0.289	329	0.229	6350	X-RAY DIFFRACTION	99.9102
2.846-2.962	0.268	308	0.218	6073	X-RAY DIFFRACTION	99.9217
2.962-3.093	0.281	314	0.208	5900	X-RAY DIFFRACTION	99.9517
3.093-3.244	0.217	287	0.179	5581	X-RAY DIFFRACTION	99.8809
3.244-3.42	0.208	281	0.181	5344	X-RAY DIFFRACTION	99.9289
3.42-3.627	0.195	270	0.18	5017	X-RAY DIFFRACTION	99.8678
3.627-3.877	0.184	260	0.172	4731	X-RAY DIFFRACTION	99.581
3.877-4.187	0.191	213	0.155	4426	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
4.187-4.587	0.141	195	0.135	4093	X-RAY DIFFRACTION	99.7441
4.587-5.127	0.178	202	0.137	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.6907
5.127-5.918	0.179	173	0.147	3232	X-RAY DIFFRACTION	99.7364
5.918-7.244	0.181	136	0.159	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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