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- PDB-8h24: Leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h24
タイトルLeucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
要素Leucine-rich alpha-2-glycoprotein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Angiogenesis / Neurite outgrowth / soluble ligand / Secreted glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / keratinocyte migration / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition ...leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / keratinocyte migration / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to bacterium / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich alpha-2-glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Won, S.Y. / Park, B.S. / Lee, D.S. / Kim, H.M. / Han, A. / Yang, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other governmentIBS-R030-C1 韓国
引用ジャーナル: Exp.Mol.Med. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of LRG1 and the functional significance of LRG1 glycan for LPHN2 activation.
著者: Yang, J. / Yin, G.N. / Kim, D.K. / Han, A.R. / Lee, D.S. / Min, K.W. / Fu, Y. / Yun, J. / Suh, J.K. / Ryu, J.K. / Kim, H.M.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich alpha-2-glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1986
ポリマ－38,2171
非ポリマー9815
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.018, 143.018, 113.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-545-

HOH

21A-589-

HOH

31A-655-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leucine-rich alpha-2-glycoprotein / LRG


分子量: 38216.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRG1, LRG / Cell (発現宿主): Freestyle293F / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02750
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 200mM lithium sulfate, 100mM sodium acetate pH4.5, 48% PEG 400 (v/v)
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 25623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 40 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 1025968
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.54390.7925030.9650.1270.80.634100
2.54-2.6439.50.66725210.9750.1070.6750.649100
2.64-2.76400.52725010.9860.0840.5330.666100
2.76-2.9400.43125220.9910.0690.4370.695100
2.9-3.0940.40.34625260.9940.0550.350.731100
3.09-3.3241.20.23425410.9970.0370.2370.804100
3.32-3.6641.40.15225600.9980.0240.1540.917100
3.66-4.19410.10525730.9990.0160.1061.063100
4.19-5.2840.50.08426110.9990.0130.0851.165100
5.28-5037.40.07527650.9990.0130.0761.16799.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NGL3, 3ZYN

3zyn


解像度: 2.45→30.27 Å / SU ML: 0.2042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.7342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 2000 7.81 %
Rwork0.1857 23602 -
obs0.1885 25602 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→30.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 61 176 2635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20373414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0766399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.06061492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.520.23261390.19861636X-RAY DIFFRACTION99.78
2.52-2.580.26191410.19861665X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.660.27431390.20321635X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.750.24621400.19921657X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.840.24451410.19211662X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.960.22781400.19641660X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.090.24111410.19771663X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.250.23931420.19621672X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.460.20061420.19151681X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.720.20621420.16291673X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.10.19191440.15781693X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.690.19591450.15691716X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.22861480.18051738X-RAY DIFFRACTION100
5.9-30.270.21041560.22571851X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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