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- PDB-8h20: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h20
タイトルSerine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum complexed with Glycine
要素Serine palmitoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / sphingolipid
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLG / Serine palmitoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobacterium multivorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2023
タイトル: Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum.
著者: Ikushiro, H. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Koolath, S. / Murai, Y. / Monde, K. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,62610
ポリマ-43,8231
非ポリマー8039
7,476415
1
A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,25120
ポリマ-87,6462
非ポリマー1,60618
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area11150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.573, 61.573, 207.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-721-

HOH

21A-771-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine palmitoyltransferase / SPT


分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア)
遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 72011 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / Num. unique obs: 11434 / CC1/2: 0.969

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A2B
解像度: 1.45→46.059 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.661 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 7291 10.125 %
Rwork0.1882 64717 -
all0.192 --
obs-72008 99.978 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.695 Å2-0 Å20 Å2
2--0.695 Å20 Å2
3----1.389 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3035 0 52 415 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.6434477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5321.5887373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4515432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00323.399153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40715602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.22894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21608
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1170.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2080.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6521.8341677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6521.8341677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1762.7492126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1762.752127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7342.211636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7332.2121637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1413.172351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.143.1722352
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.24924.0323838
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.24824.0463839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.4880.3525500.3124654X-RAY DIFFRACTION99.9232
1.488-1.5280.3694570.3034670X-RAY DIFFRACTION100
1.528-1.5730.3285090.2934434X-RAY DIFFRACTION100
1.573-1.6210.3154860.2694379X-RAY DIFFRACTION100
1.621-1.6740.2664840.2374175X-RAY DIFFRACTION100
1.674-1.7330.2794450.2344063X-RAY DIFFRACTION100
1.733-1.7980.2634680.233913X-RAY DIFFRACTION100
1.798-1.8710.2634280.2243832X-RAY DIFFRACTION100
1.871-1.9550.2494390.223600X-RAY DIFFRACTION100
1.955-2.050.2483860.2153537X-RAY DIFFRACTION99.9745
2.05-2.160.2433760.2013305X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.2910.2263410.1963219X-RAY DIFFRACTION99.9719
2.291-2.4490.2363390.182968X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.6450.2222980.1722819X-RAY DIFFRACTION99.9679
2.645-2.8960.2193190.1622552X-RAY DIFFRACTION99.9652
2.896-3.2370.2162800.1682358X-RAY DIFFRACTION99.9621
3.237-3.7350.2082440.1562078X-RAY DIFFRACTION100
3.735-4.5680.1481860.1311825X-RAY DIFFRACTION100
4.568-6.4330.1991620.1551447X-RAY DIFFRACTION100
6.433-46.0590.191940.164889X-RAY DIFFRACTION99.5947

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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