PDB-8h1y: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1y

タイトル

Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum complexed with L-homoserine

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum.
著者: Ikushiro, H. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Koolath, S. / Murai, Y. / Monde, K. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.

履歴

登録	2022年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1y.cif.gz	109.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1y.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h1y_validation.pdf.gz	825.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h1y_full_validation.pdf.gz	826.8 KB	表示
XML形式データ	8h1y_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	8h1y_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1qC 8h1wC 8h20C 8h21C 8h29C 3a2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.238, 61.238, 208.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-710- HOH
2	1	A-715- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-KPU / (2~{S})-2-[[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylamino]-4-oxidanyl-butanoic acid 分子量: 350.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 57736 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / Num. unique obs: 8613 / CC_1/2: 0.924

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.55→45.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 1.856 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	5954	10.314 %
R_work	0.1826	51776	-
all	0.187	-	-
obs	-	57730	98.363 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.342 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.342 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.684 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	43	475	3553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.643	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	1.59	7385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.613	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.719	23.182	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.37	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.44	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	1.256	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.064	1.257	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.546	1.882	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.546	1.882	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.739	1.503	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.739	1.503	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.654	2.165	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.654	2.164	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.232	16.715	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.936	15.991	3746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.338	384	0.292	3298	X-RAY DIFFRACTION	86.5742
1.59-1.634	0.295	410	0.262	3675	X-RAY DIFFRACTION	98.1028
1.634-1.681	0.267	430	0.231	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.733	0.266	414	0.211	3537	X-RAY DIFFRACTION	99.8989
1.733-1.789	0.244	388	0.191	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.852	0.266	384	0.207	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.946
1.852-1.922	0.251	361	0.2	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.922-2	0.236	388	0.192	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.9707
2-2.089	0.233	331	0.199	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.089-2.191	0.235	327	0.19	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.191-2.309	0.212	297	0.183	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.9667
2.309-2.449	0.211	300	0.166	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.931
2.449-2.618	0.196	256	0.157	2419	X-RAY DIFFRACTION	99.7018
2.618-2.827	0.207	274	0.16	2249	X-RAY DIFFRACTION	99.4874
2.827-3.096	0.224	254	0.161	2086	X-RAY DIFFRACTION	99.0686
3.096-3.459	0.196	221	0.159	1888	X-RAY DIFFRACTION	98.6436
3.459-3.991	0.171	185	0.15	1674	X-RAY DIFFRACTION	97.6366
3.991-4.88	0.159	149	0.135	1448	X-RAY DIFFRACTION	96.6707
4.88-6.869	0.258	127	0.218	1129	X-RAY DIFFRACTION	95.2237
6.869-45.95	0.239	74	0.221	673	X-RAY DIFFRACTION	92.5651

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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