PDB-8h1w: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1w

タイトル

Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Takahashi, A. / Murakami, T. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum.
著者: Ikushiro, H. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Koolath, S. / Murai, Y. / Monde, K. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.

履歴

登録	2022年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1w.cif.gz	114 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1w.ent.gz	82.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1qC 8h1yC 8h20C 8h21C 8h29C 3a2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.612, 61.612, 208.349
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-779- HOH
2	1	A-810- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 44050.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 80227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / Num. unique obs: 12715 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.4→43.604 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.331 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	8179	10.203 %
R_work	0.1685	71987	-
all	0.172	-	-
obs	-	80166	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.468 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.468 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.936 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3050	0	28	534	3612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.895	1.632	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.564	1.582	7367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.567	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.929	23.742	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.371	15	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.422	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.112	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.548	1.915	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.547	1.912	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.084	2.87	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.084	2.874	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	2.263	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.736	2.264	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.872	3.261	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.871	3.263	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.484	25.843	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.484	25.842	3978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.299	530	0.277	5274	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
1.436-1.476	0.279	582	0.265	5099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.476-1.518	0.257	582	0.254	4930	X-RAY DIFFRACTION	99.9819
1.518-1.565	0.282	567	0.239	4808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.616	0.236	530	0.219	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.616-1.673	0.229	520	0.214	4530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.736	0.243	476	0.204	4381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.736-1.807	0.241	487	0.194	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.887	0.228	504	0.19	4021	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.979	0.231	441	0.181	3905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.086	0.203	441	0.176	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.212	0.209	397	0.162	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.365	0.195	358	0.154	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.365-2.554	0.203	338	0.155	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.554-2.797	0.178	336	0.146	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-3.126	0.203	315	0.15	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.607	0.195	280	0.152	2320	X-RAY DIFFRACTION	100
3.607-4.412	0.15	217	0.133	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
4.412-6.215	0.164	172	0.143	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
6.215-43.604	0.171	102	0.172	961	X-RAY DIFFRACTION	98.4259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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