PDB-8h1q: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1q

タイトル

Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum complexed with L-serine

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum.
著者: Ikushiro, H. / Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Koolath, S. / Murai, Y. / Monde, K. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1q.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1q.ent.gz	83 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h1q_validation.pdf.gz	822.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h1q_full_validation.pdf.gz	825.1 KB	表示
XML形式データ	8h1q_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	8h1q_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1wC 8h1yC 8h20C 8h21C 8h29C 3a2bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.282, 61.282, 207.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-620- HOH
2	1	A-757- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 336.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 64186 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 10153 / CC_1/2: 0.949

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.5→45.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.202 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	6591	10.273 %
R_work	0.148	57569	-
all	0.151	-	-
obs	-	64160	99.2 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	46	502	3583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.829	1.635	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.572	1.585	7687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.238	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.087	23.272	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.265	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.641	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.257	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.473	1.793	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.473	1.793	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.009	2.687	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.009	2.687	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.579	2.139	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.579	2.14	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.859	3.079	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.859	3.081	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.281	23.862	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.024	22.864	3920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.249	449	0.223	4227	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.539-1.581	0.21	481	0.18	4076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.21	480	0.174	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.205	443	0.171	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.208	432	0.166	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.9762
1.732-1.792	0.198	427	0.16	3635	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
1.792-1.86	0.209	410	0.157	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.8227
1.86-1.936	0.188	378	0.152	3399	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
1.936-2.022	0.209	380	0.158	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.7253
2.022-2.12	0.178	381	0.154	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.514
2.12-2.235	0.173	318	0.145	3002	X-RAY DIFFRACTION	99.5801
2.235-2.37	0.172	321	0.139	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.4307
2.37-2.533	0.175	277	0.135	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.1275
2.533-2.736	0.165	294	0.136	2455	X-RAY DIFFRACTION	98.6719
2.736-2.996	0.188	275	0.142	2272	X-RAY DIFFRACTION	98.5681
2.996-3.348	0.204	246	0.15	2078	X-RAY DIFFRACTION	98.2664
3.348-3.863	0.157	215	0.132	1830	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.863-4.724	0.147	156	0.119	1605	X-RAY DIFFRACTION	96.599
4.724-6.652	0.191	143	0.162	1241	X-RAY DIFFRACTION	96.446
6.652-45.94	0.194	85	0.161	754	X-RAY DIFFRACTION	94.5885

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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