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万見
- PDB-8h1p: Cryo-EM structure of the human RAD52 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h1p
タイトルCryo-EM structure of the human RAD52 protein
要素DNA repair protein RAD52 homolog
キーワードRECOMBINATION / double-strand break repair / single strand annealing protein / DNA binding protein / self-oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Kinoshita, C. / Takizawa, Y. / Saotome, M. / Ogino, S. / Kurumizaka, H. / Kagawa, W.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K12328 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H03743 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06098 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22am121009 日本
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2023
タイトル: The cryo-EM structure of full-length RAD52 protein contains an undecameric ring.
著者: Chiaki Kinoshita / Yoshimasa Takizawa / Mika Saotome / Shun Ogino / Hitoshi Kurumizaka / Wataru Kagawa /
要旨: The human RAD52 protein, which forms an oligomeric ring structure, is involved in DNA double-strand break repair. The N-terminal half of RAD52 is primarily responsible for self-oligomerisation and ...The human RAD52 protein, which forms an oligomeric ring structure, is involved in DNA double-strand break repair. The N-terminal half of RAD52 is primarily responsible for self-oligomerisation and DNA binding. Crystallographic studies have revealed the detailed structure of the N-terminal half. However, only low-resolution structures have been reported for the full-length protein, and thus the structural role of the C-terminal half in self-oligomerisation has remained elusive. In this study, we determined the solution structure of the human RAD52 protein by cryo-electron microscopy (cryo-EM), at an average resolution of 3.5 Å. The structure revealed an undecameric ring that is nearly identical to the crystal structures of the N-terminal half. The cryo-EM map for the C-terminal half was poorly defined, indicating that the region is intrinsically disordered. The present cryo-EM structure provides important insights into the mechanistic roles played by the N-terminal and C-terminal halves of RAD52 during DNA double-strand break repair.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD52 homolog
B: DNA repair protein RAD52 homolog
C: DNA repair protein RAD52 homolog
D: DNA repair protein RAD52 homolog
E: DNA repair protein RAD52 homolog
F: DNA repair protein RAD52 homolog
G: DNA repair protein RAD52 homolog
H: DNA repair protein RAD52 homolog
I: DNA repair protein RAD52 homolog
J: DNA repair protein RAD52 homolog
K: DNA repair protein RAD52 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,66411
ポリマ－511,66411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD52 homolog


分子量: 46514.934 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43351

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RAD52 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
20.1 mM2,2',2'',2'''-(Ethane-1,2-diyldinitrilo)tetraacetic acidEDTA1
32 mM2-mercaptoethanol2-mercaptoethanol1
40.4 Mpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 57.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4CTFFIND4.1.14CTF補正
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39100 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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