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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h1e | ||||||
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タイトル | Aquifex aeolicus MutL endonuclease domain complexed with manganese ions | ||||||
![]() | DNA mismatch repair protein MutL | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukui, K. / Yano, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Catalytic mechanism of the zinc-dependent MutL endonuclease reaction. 著者: Fukui, K. / Yamamoto, T. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h1fC ![]() 8h1gC ![]() 5b42S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12352.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: VF5 / 遺伝子: mutL / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200 mM sodium acetate, 50 mM MnCl2, and 30 % (v/v) polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→32.8 Å / Num. obs: 33594 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 17.91 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 60 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3304 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.53 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B42 解像度: 1.22→32.8 Å / SU ML: 0.149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.8343 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→32.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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