PDB-8h1d: Solid-state NMR Structure of Aquaporin Z in its Native Cellular M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1d

タイトル

Solid-state NMR Structure of Aquaporin Z in its Native Cellular Membranes

要素

Aquaporin Z

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

water channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

個体NMR / distance geometry

データ登録者

Xie, H. / Zhao, Y. / Zhao, W. / Chen, Y. / Liu, M. / Yang, J.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21927801	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21904136	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21921004	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22004124	中国
Chinese Academy of Sciences	YJKYYQ20190032	中国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Solid-state NMR structure determination of a membrane protein in E. coli cellular inner membrane.
著者: Xie, H. / Zhao, Y. / Zhao, W. / Chen, Y. / Liu, M. / Yang, J.

履歴

登録	2022年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1d.cif.gz	660.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1d.ent.gz	554.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36514Solid-state NMR Structure of Aquaporin Z in its Native Cellular Membranes

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#173 - 2014年5月
アクアポリン (Aquaporin)
類似性 (6)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aquaporin Z

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 1000	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Aquaporin Z 分子量: 25185.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: aqpZ, ECBD_2719 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140NDF1

-
実験

実験

手法: 個体NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NCA
1	2	1	isotropic	1	2D DARR
1	3	1	isotropic	1	3D NCACX
1	4	1	isotropic	1	3D NCOCX
1	5	1	isotropic	1	3D CONCA
2	6	1	isotropic	1	2D 100ms CORD
2	8	1	isotropic	1	2D 500ms CORD

-
試料調製

詳細

タイプ: membrane
内容: 29.4 % w/w [U-13C; U-15N] aquaporin Z, 5 mM Tris-Cl pH 8.0
詳細: The cellular membranes for ssNMR experiments were collected directly after overexpression of AqpZ in E.coli, cell lysis, and isolation of cell components without protein purification.
Label: 13C,15N_sample / 溶媒系: 5 mM Tris-Cl pH 8.0

試料

濃度: 29.4 % w/w / 構成要素: aquaporin Z / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]

試料状態

イオン強度: 1 M / Ionic strength err: 0.1 / pH: 8 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

Conditions-ID	詳細	Label
1	Inner membrane 1 (IM1) is the E. coli inner cell membrane obtained after removing outer membrane components by sucrose density gradient centrifugation of TM2.	IM1
2	IM2 is the same as IM1 except for the use of 100 uL rifampicin treatment before induction of AqpZ expression.	IM2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz 詳細: A standard Bruker Advance 800 MHz spectrometer with a 3.2 mm E-free HCN MAS probe.

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRFAM-SPARKY	2.6	T. D. Goddard and D. G. Kneller	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	2.47	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
TopSpin	3.6	Bruker Biospin	collection
NMRPipe	3	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 2
詳細: We calculated 1000 monomer structures using 1007 distance restraints, 214 angle restraints predicted from TALOS+ using assigned 15N and 13C chemical shifts, and 132 intrahelical hydrogen ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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