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万見
- PDB-8h1b: Crystal structure of MnmM from S. aureus complexed with SAM and t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h1b
タイトルCrystal structure of MnmM from S. aureus complexed with SAM and tRNA anti-codon stem loop (ASL) (1.55 A)
要素
  • RNA (5'-R(*AP*CP*GP*GP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*U)-3')
  • rRNA methylase YtqB
キーワードTRANSFERASE/RNA / Methyltransferase / tRNA post-transcriptional modification / MnmC mnm5(s2)U / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase / tRNA processing / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Putative rRNA methylase / Putative rRNA methylase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kim, J. / Cho, G. / Lee, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Identification of a novel 5-aminomethyl-2-thiouridine methyltransferase in tRNA modification.
著者: Cho, G. / Lee, J. / Kim, J.
履歴
登録2022年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA methylase YtqB
B: rRNA methylase YtqB
C: RNA (5'-R(*AP*CP*GP*GP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*CP*GP*GP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5107
ポリマ－54,6904
非ポリマー8203
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.436, 71.494, 67.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 rRNA methylase YtqB


分子量: 21964.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_01878 / プラスミド: pLATE31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2FXG9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*GP*GP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*U)-3')


分子量: 5380.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 20% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.12 Å / Num. obs: 65003 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.66 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4063 / CC1/2: 0.537 / Rpim(I) all: 0.566 / Rrim(I) all: 1.531 / % possible all: 29.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
XDSJan 10, 2022データ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
Coot0.9.8.3モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model (UniProt: Q2FXG9)

解像度: 1.55→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.908 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20433 3175 4.9 %RANDOM
Rwork0.17432 ---
obs0.1758 61827 84.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.176 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3028 710 55 421 4214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0164113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.735758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2352.8218032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2515418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88424.815162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96315583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.453157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9071.4321630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9051.4321630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4252.1372062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4242.1372063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2951.5722483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2951.5722483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0062.3023697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.42117.9794801
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.2517.0684681
LS精密化 シェル解像度: 1.552→1.593 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 24 -
Rwork0.283 315 -
obs--5.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8765-0.3048-0.28481.7265-0.11941.32170.066-0.00350.051-0.0494-0.0454-0.1117-0.07230.0673-0.02060.022-0.00540.01170.0092-0.00060.0116-5.37513.29427.869
21.7621-0.6371-0.20731.76680.09341.41450.05640.14580.0714-0.1095-0.0843-0.19480.10820.21670.02790.05120.06670.02960.10270.030.03258.753-12.31912.907
33.4325-0.47123.04190.31270.03713.56660.1658-0.2925-0.38690.12170.12180.05610.3534-0.0526-0.28760.2113-0.0494-0.04780.22260.06270.22686.5231.46648.079
46.756-1.5815.75010.4683-1.89558.47040.19970.5983-0.6184-0.0129-0.04290.1405-0.3354-0.1778-0.15680.44280.161-0.1220.5022-0.01430.4103-12.793-8.251-1.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3C27 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4D27 - 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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