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- PDB-8h02: Crystal structure of Synechococcus elongatus PCC 7942 RNA polymer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h02
タイトルCrystal structure of Synechococcus elongatus PCC 7942 RNA polymerase SI3-tail
要素DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / SI3
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.552 Å
データ登録者Shen, L.Q. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号
Other government2018YFA0900701 中国
Other governmentJCYJ-SHFY-2022-012 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2023
タイトル: An SI3-σ arch stabilizes cyanobacteria transcription initiation complex.
著者: Liqiang Shen / Giorgio Lai / Linlin You / Jing Shi / Xiaoxian Wu / Maria Puiu / Zhanxi Gu / Yu Feng / Yulia Yuzenkova / Yu Zhang /
要旨: Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all ...Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all bacterial RNAPs. Here, we report two cryo-EM structures of cyanobacterial transcription initiation complexes at near-atomic resolutions. The structures show that cyanobacterial RNAP forms an "SI3-σ" arch interaction between domain 2 of σ (σ) and sequence insertion 3 (SI3) in the mobile catalytic domain Trigger Loop (TL). The "SI3-σ" arch facilitates transcription initiation from promoters of different classes through sealing the main cleft and thereby stabilizing the RNAP-promoter DNA open complex. Disruption of the "SI3-σ" arch disturbs cyanobacteria growth and stress response. Our study reports the structure of cyanobacterial RNAP and a unique mechanism for its transcription initiation. Our data suggest functional plasticity of SI3 and provide the foundation for further research into cyanobacterial and chloroplast transcription.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0461
ポリマ-9,0461
非ポリマー00
1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.133, 32.133, 82.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 9046.376 Da / 分子数: 1 / 断片: SI3-tail / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: rpoC2, Synpcc7942_1524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31N15, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 11917 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.165 / Num. unique obs: 609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AUK
解像度: 1.552→32.133 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 1194 10.02 %
Rwork0.1976 10723 -
obs0.2 11917 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.01 Å2 / Biso mean: 37.3338 Å2 / Biso min: 19.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.552→32.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数597 0 0 72 669
Biso mean---47.88 -
残基数----79
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.552-1.61390.25251360.2093122399
1.6139-1.68730.26681300.20061201100
1.6873-1.77630.24951330.20691194100
1.7763-1.88760.28281370.20191226100
1.8876-2.03330.24581280.20481189100
2.0333-2.23780.24891360.20941198100
2.2378-2.56160.25231310.20111209100
2.5616-3.22680.21981320.2151120097
3.2268-32.1330.19041310.1785108390
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3059 Å / Origin y: 5.1679 Å / Origin z: 2.4993 Å
111213212223313233
T0.1915 Å20.0113 Å2-0.0086 Å2-0.2201 Å2-0.0147 Å2--0.2343 Å2
L2.7032 °21.026 °21.7366 °2-2.2032 °20.8007 °2--4.0449 °2
S0.0446 Å °0.096 Å °0.0141 Å °0.0575 Å °-0.0402 Å °-0.2291 Å °0.0663 Å °0.2457 Å °0.0032 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA352 - 430
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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