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万見
- PDB-8gzl: Crystal structure of Cd2+-bound DNA aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gzl
タイトルCrystal structure of Cd2+-bound DNA aptamer
要素25-mer DNA
キーワードDNA / DNA aptamer / Cd2+-binding / complex
機能・相同性: / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gan, J.H. / Liu, H.H. / Gao, Y.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171197 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures and identification of novel Cd2+-specific DNA aptamer.
著者: Liu, H. / Gao, Y. / Mathivanan, J. / Armour-Garb, Z. / Shao, Z. / Zhang, Y. / Zhao, X. / Shao, Q. / Zhang, W. / Yang, J. / Cao, C. / Li, H. / Sheng, J. / Gan, J.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25-mer DNA
B: 25-mer DNA
C: 25-mer DNA
D: 25-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,60411
ポリマ－30,7684
非ポリマー8377
水543
1
A: 25-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0544
ポリマ－7,6921
非ポリマー3623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4860 Å2
手法PISA
2
B: 25-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9423
ポリマ－7,6921
非ポリマー2502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4800 Å2
手法PISA
3
C: 25-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8042
ポリマ－7,6921
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4780 Å2
手法PISA
4
D: 25-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8042
ポリマ－7,6921
非ポリマー1121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.800, 45.690, 147.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DC / End label comp-ID: DC / Auth seq-ID: 1 - 25 / Label seq-ID: 1 - 25

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: DNA鎖
25-mer DNA


分子量: 7691.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 45% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.37 Å / Num. obs: 6161 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 86.51 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 30010 / Scaling rejects: 46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.184.40.45940969350.9760.2330.5181.881.7
9-29.374.80.05812492590.9970.030.06516.691.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GZJ

8gzj


解像度: 3→29.37 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 301 5.06 %
Rwork0.2334 5652 -
obs0.2362 5953 81.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.03 Å2 / Biso mean: 95.6236 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2040 6 3 2049
Biso mean--110.39 30 -
残基数----101
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A984X-RAY DIFFRACTION17.078TORSIONAL
12B984X-RAY DIFFRACTION17.078TORSIONAL
13C984X-RAY DIFFRACTION17.078TORSIONAL
14D984X-RAY DIFFRACTION17.078TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.780.45371400.34152627276776
3.78-29.370.23871610.20373025318687
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.7191 Å / Origin y: 9.3045 Å / Origin z: 38.6643 Å
111213212223313233
T0.9686 Å2-0.3438 Å2-0.1401 Å2-0.8816 Å20.0861 Å2--0.7641 Å2
L-0.2476 °2-0.5282 °20.1581 °2--0.1034 °20.0017 °2--0.1747 °2
S-0.1135 Å °0.0521 Å °-0.0457 Å °0.1996 Å °0.0889 Å °-0.0472 Å °-0.8263 Å °0.1028 Å °-0.0092 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 25
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 25
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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