PDB-8gzf: Crystal Structure of METTL9-SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gzf

タイトル

Crystal Structure of METTL9-SAH

要素

Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / DREV domain / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-L-histidine N-pros-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhao, W.T. / Li, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Insight / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for protein histidine N1-specific methylation of the "His-x-His" motifs by METTL9.
著者: Zhao, W. / Zhou, Y. / Li, C. / Bi, Y. / Wang, K. / Ye, M. / Li, H.

履歴

登録	2022年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gzf.cif.gz	237.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gzf.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gzf_validation.pdf.gz	989.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gzf_full_validation.pdf.gz	994 KB	表示
XML形式データ	8gzf_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	8gzf_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gzf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gzeC 7ezgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase

B: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase

ヘテロ分子

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.807, 109.807, 120.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase / DORA reverse strand protein / DREV / DREV1 / Methyltransferase-like protein 9 / hMETTL9 分子量: 30953.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / プラスミド: pGex-6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H1A3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / Fragment: SAH / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4% v/v glycerol, 1.8 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 55801 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.998 / Χ²: 0.038 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 482311

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	9	0.919	2752	0.46	1	100
2.54-2.59	9	0.822	2728	0.456	1	100
2.59-2.64	9	0.702	2831	0.466	1	100
2.64-2.69	9	0.589	2783	0.49	1	100
2.69-2.75	8.9	0.486	2855	0.506	1	100
2.75-2.82	8.8	0.4	2772	0.557	1	100
2.82-2.89	8.7	0.345	2774	0.583	1	100
2.89-2.96	8.6	0.291	2827	0.63	1	100
2.96-3.05	8	0.248	2729	0.692	1	100
3.05-3.15	8.2	0.198	2812	0.817	1	100
3.15-3.26	8.8	0.174	2808	1.019	1	100
3.26-3.39	8.2	0.138	2806	1.366	1	100
3.39-3.55	8.9	0.116	2770	1.702	1	100
3.55-3.73	9.1	0.105	2821	1.963	1	100
3.73-3.97	9	0.093	2775	2.291	1	100
3.97-4.27	8.8	0.081	2781	2.602	1	100
4.27-4.7	8.5	0.074	2782	2.969	1	100
4.7-5.38	8.2	0.074	2817	2.983	1	100
5.38-6.78	7.9	0.073	2810	2.923	1	100
6.78-50	8.4	0.063	2768	3.721	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EZG

7ezg

解像度: 2.5→28.68 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	1416	5 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1928	28299	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4368	0	52	105	4525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.566	6156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.964	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.59	0.2641	116	0.2334	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.7	0.2585	157	0.2194	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.82	0.254	135	0.211	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.97	0.2471	147	0.214	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.15	0.3126	146	0.2243	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.4	0.2708	144	0.2142	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.74	0.2564	158	0.1867	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.28	0.2324	139	0.1797	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.28-5.38	0.2154	126	0.1688	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
5.39-28.68	0.2155	148	0.1799	2734	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2135	-0.2134	0.0104	0.3555	0.0579	0.1115	-0.0575	0.2675	0.1387	-0.1113	-0.3061	-0.3446	-0.4773	0.4617	-0.0692	0.6788	-0.3985	0.0348	0.6306	-0.1839	0.8752	31.6446	44.1632	11.8014
2	-0.0152	0.0146	0.0152	0.0193	-0.0066	0.0479	0.1416	-0.1342	0.0245	-0.0941	-0.0349	-0.1655	0.0642	0.1355	0.0001	0.3286	0.0091	0.02	0.435	-0.0594	0.4232	16.9056	17.762	6.522
3	0.1838	-0.1039	-0.2411	0.2873	0.0901	0.2131	0.0397	-0.2972	-0.056	0.3839	0.0079	-0.1219	-0.0193	0.1817	0.0107	0.4079	-0.0573	-0.1079	0.4804	-0.0678	0.3601	17.7511	27.3103	25.1347
4	0.1079	0.0918	-0.0093	0.3134	0.038	0.0435	0.0417	-0.1056	0.5008	0.046	0.0338	0.1764	-0.55	-0.0104	0.085	0.6521	-0.0772	-0.0903	0.4975	-0.2036	0.4477	12.0363	39.548	23.206
5	0.3279	-0.0795	0.2301	0.657	0.0138	0.2563	0.0632	-0.009	0.4349	-0.2193	-0.2879	-0.3155	-0.5102	0.3825	-0.3987	0.6562	-0.2347	-0.1283	0.414	-0.1299	0.5816	20.546	41.6836	14.6905
6	0.3301	0.2329	0.0512	0.2169	-0.0014	0.0794	0.1063	-0.2589	0.4145	0.1604	-0.0986	-0.1329	-0.4269	-0.1128	-0.0381	0.8685	0.2968	-0.186	0.4435	-0.042	0.9894	-4.97	53.9859	-12.1846
7	0.0245	0.0438	0.055	0.0333	0.0585	0.0689	0.2048	-0.1812	0.0589	-0.2861	0	0.0473	0.0826	-0.2572	0	0.3133	0.0603	-0.0189	0.5239	0.0528	0.4457	-5.4943	23.8232	-7.0105
8	0.0072	-0.0298	-0.0121	0.0029	-0.0246	0.0299	-0.1628	0.1391	0.1706	-0.0861	-0.0012	0.0703	0.0169	-0.0358	-0.0001	0.4053	0.1504	-0.0544	0.4536	0.016	0.3889	1.2611	26.8453	-14.4586
9	0.4266	-0.1163	0.1316	0.1751	0.034	0.2065	-0.0535	0.8714	0.2565	-0.3398	-0.068	0.2845	-0.1237	-0.0161	-0.007	0.6212	0.1624	-0.0774	0.6174	0.2405	0.5028	-3.0323	33.7242	-28.5064
10	0.1461	-0.133	-0.0495	0.2096	0.0374	0.0067	0.048	0.3557	0.626	-0.3278	0.0134	-0.5651	-0.3519	0.262	0.2217	0.6164	0.0778	0.0426	0.7839	0.5107	0.763	7.0965	41.4218	-29.7263
11	0.0154	0	0.0185	0.0029	0.0133	0.0007	-0.2972	-0.145	0.0883	-0.0028	-0.0835	-0.0187	0.2671	0.3966	0.0001	0.8483	0.0101	-0.1292	0.8974	0.1844	1.2463	15.7663	36.3689	-12.7673
12	0.511	-0.0429	0.3564	0.2241	0.0923	0.3199	-0.4311	-0.4267	1.1241	0.1118	-0.231	-0.3622	-0.4123	-0.0279	-0.5469	0.6459	0.0456	-0.3319	0.1164	0.287	1.1488	3.3886	46.4032	-15.3682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 53 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 261 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 262 through 318 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 53 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 79 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 130 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 131 through 195 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 196 through 241 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 242 through 261 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 262 through 318 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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