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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gzd | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL ALPHA/BETA HYDROLASE FROM THERMOMONOSPORA CURVATA IN APO FORM | |||||||||
![]() | Triacylglycerol lipase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / plastic / PET / degradation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / triacylglycerol lipase activity / periplasmic space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Han, X. / Gao, J. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R. / Liu, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL ALPHA/BETA HYDROLASE FROM THERMOMONOSPORA CURVATA IN APO FORM 著者: Han, X. / Gao, J. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R. / Liu, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jfrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28414.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Tcur_1278 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M each amino acid, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→26.19 Å / Num. obs: 94978 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.838 % / Biso Wilson estimate: 7.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.779 / Net I/σ(I): 11.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JFR 解像度: 1.1→26.19 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 39.43 Å2 / Biso mean: 12.1805 Å2 / Biso min: 1.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.1→26.19 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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