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- PDB-8gz6: Crystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gz6
タイトルCrystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-CoV-2 Alpha variant spike receptor-binding domain
要素Nanobody P17
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike RBD / nanobody / VHH / VIRAL PROTEIN
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJOP1861 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20fk018517 日本
Other governmentKYOTO Industrial Support Organization 21
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the rational design of a nanobody that binds with high affinity to the SARS-CoV-2 spike variant.
著者: Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T.
履歴
登録2022年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody P17
B: Nanobody P17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3527
ポリマ－27,1482
非ポリマー2045
水4,702261
1
A: Nanobody P17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7074
ポリマ－13,5741
非ポリマー1333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody P17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6453
ポリマ－13,5741
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.758, 32.113, 84.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 Nanobody P17


分子量: 13574.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 24.5% w/v polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→42.18 Å / Num. obs: 46794 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / Num. unique obs: 2408 / CC1/2: 0.686 / Rrim(I) all: 0.885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GZ5

8gz5


解像度: 1.35→42.18 Å / SU ML: 0.1776 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.1923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1795 2274 4.86 %
Rwork0.1486 44499 -
obs0.1501 46773 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 8 261 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01041883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2172553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1113274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6213281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.380.33411380.26492801X-RAY DIFFRACTION99.97
1.38-1.410.27241380.23822759X-RAY DIFFRACTION99.38
1.41-1.450.26141570.21042751X-RAY DIFFRACTION99.76
1.45-1.490.26271540.19182774X-RAY DIFFRACTION99.66
1.49-1.530.24481340.17782817X-RAY DIFFRACTION99.63
1.53-1.580.2031270.1652774X-RAY DIFFRACTION99.69
1.58-1.640.22141510.16222751X-RAY DIFFRACTION99.01
1.64-1.70.24211400.15142794X-RAY DIFFRACTION99.53
1.7-1.780.20891450.14152779X-RAY DIFFRACTION99.39
1.78-1.870.20971260.13652781X-RAY DIFFRACTION98.64
1.87-1.990.1861450.13942765X-RAY DIFFRACTION98.05
1.99-2.140.17521320.1322770X-RAY DIFFRACTION98.17
2.14-2.360.21131270.14932781X-RAY DIFFRACTION98.38
2.36-2.70.17761480.152772X-RAY DIFFRACTION98.09
2.7-3.40.15881650.14432753X-RAY DIFFRACTION97.56
3.4-42.180.13941470.13872877X-RAY DIFFRACTION97.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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