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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gz6 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-CoV-2 Alpha variant spike receptor-binding domain | ||||||||||||
![]() | Nanobody P17 | ||||||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike RBD / nanobody / VHH / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the rational design of a nanobody that binds with high affinity to the SARS-CoV-2 spike variant. 著者: Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13574.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 24.5% w/v polyethylene glycol 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→42.18 Å / Num. obs: 46794 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / Num. unique obs: 2408 / CC1/2: 0.686 / Rrim(I) all: 0.885 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8GZ5 解像度: 1.35→42.18 Å / SU ML: 0.1776 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.1923 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→42.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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