PDB-8gz4: Crystal structure of MPXV phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gz4

タイトル

Crystal structure of MPXV phosphatase

要素

Dual specificity protein phosphatase H1

キーワード

VIRAL PROTEIN / inhibitor / dimer / phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / : / negative regulation of MAPK cascade / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / protein-tyrosine-phosphatase / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Yang, H.T. / Wang, W. / Huang, H.J. / Ji, X.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of monkeypox H1 phosphatase, an antiviral drug target.
著者: Cui, W. / Huang, H. / Duan, Y. / Luo, Z. / Wang, H. / Zhang, T. / Nguyen, H.C. / Shen, W. / Su, D. / Li, X. / Ji, X. / Yang, H. / Wang, W.

履歴

登録	2022年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gz4.cif.gz	87.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gz4.ent.gz	64.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cm3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (8) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dual specificity protein phosphatase H1

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity protein phosphatase H1

ヘテロ分子

A: Dual specificity protein phosphatase H1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.480, 62.480, 170.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-387- HOH
2	1	A-395- HOH

#1: タンパク質	Dual specificity protein phosphatase H1 / H1L / MPXV-COP-085 / MPXV-SL-085 / MPXV-WRAIR085 / MPXVgp091 / Tyr-ser protein phosphatase / ...H1L / MPXV-COP-085 / MPXV-SL-085 / MPXV-WRAIR085 / MPXVgp091 / Tyr-ser protein phosphatase / Tyr/Ser phosphatase / IFN-gamma inhibitor / Tyr/ser protein phosphatase 分子量: 19754.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: H1L, MPXV-CAM1990_02-083, MPXV-Congo_8-084, MPXV-COP-085, MPXV-GAB1988_001-084, MPXV-Ikubi-083, MPXV-M2940_FCT-089, MPXV-M2957_Lagos-089, MPXV-M3021_Delta-089, MPXV-M5312_HM12_Rivers-089, ...遺伝子: H1L, MPXV-CAM1990_02-083, MPXV-Congo_8-084, MPXV-COP-085, MPXV-GAB1988_001-084, MPXV-Ikubi-083, MPXV-M2940_FCT-089, MPXV-M2957_Lagos-089, MPXV-M3021_Delta-089, MPXV-M5312_HM12_Rivers-089, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-082, MPXV-Nig_SEV71_2_82-084, MPXV-PCH-086, MPXV-Singapore-089, MPXV-SL-085, MPXV-UK_P1-089, MPXV-UK_P2-089, MPXV-UK_P3-089, MPXV-USA2003_099_GR-089, MPXV-USA2003_206_DM-089, MPXV-USA2003_223_RS-089, MPXV-UTC-080, MPXV-W_Nigeria-084, MPXV-WRAIR085, MPXV297957_080, MPXV298464_071, MPXV_DRC_Yandongi_092, MPXV_LIB1970_184_096, MPXV_RCG2003_358_096, MPXV_ROC_2010_035, MPXV_SUD2005_01_092, MPXV_USA2003_039_096, MPXV_USA2003_044_096, MPXV_ZAI1979_005_096, MPXVgp091, PDLMKLCO_00094 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5IXT4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: BIS-TRIS, PEG 3350, Lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9777 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9777 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→30.675 Å / Num. obs: 29840 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.089 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.949 / Net I/σ(I): 25.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	16.471	0.662	4.74	19370	1181	1176	0.949	0.683	99.6
1.85-1.9	16.713	0.588	6.1	18919	1133	1132	0.966	0.606	99.9
1.9-1.95	15.153	0.516	7.08	16729	1106	1104	0.966	0.534	99.8
1.95-2.01	17.384	0.336	9.64	18827	1083	1083	0.986	0.346	100
2.01-2.08	16.345	0.277	12.57	17031	1042	1042	0.996	0.287	100
2.08-2.15	17.286	0.21	15.25	17493	1012	1012	0.995	0.216	100
2.15-2.24	16.799	0.168	18.41	16396	976	976	0.994	0.174	100
2.24-2.33	15.685	0.146	21.33	14869	949	948	0.997	0.151	99.9
2.33-2.43	17.297	0.115	25.48	15498	896	896	0.998	0.118	100
2.43-2.55	16.073	0.102	28.26	14080	876	876	0.997	0.105	100
2.55-2.69	16.602	0.092	32.11	13896	837	837	0.998	0.095	100
2.69-2.85	16.874	0.082	36.6	13381	793	793	0.998	0.084	100
2.85-3.05	16.248	0.066	42.12	12007	739	739	0.999	0.068	100
3.05-3.29	14.855	0.057	44.17	10458	704	704	0.999	0.059	100
3.29-3.6	15.074	0.049	51.7	9587	636	636	0.999	0.051	100
3.6-4.03	13.78	0.047	52.78	8254	599	599	0.997	0.049	100
4.03-4.65	15.463	0.042	59	8118	525	525	0.999	0.044	100
4.65-5.7	13.911	0.039	56.23	6413	462	461	0.999	0.041	99.8
5.7-8.06	14.235	0.039	54.94	5210	366	366	0.999	0.041	100
8.06-30.675	13.236	0.031	59.36	2978	232	225	0.999	0.033	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3cm3

3cm3

解像度: 1.802→30.675 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	2987	10.01 %
R_work	0.1724	26853	-
obs	0.1748	29840	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.02 Å² / B_iso mean: 29.2832 Å² / B_iso min: 10.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.802→30.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1356	0	5	99	1460
B_iso mean	-	-	26.63	36.9	-
残基数	-	-	-	-	170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	1936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.72	874

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.802-1.8312	0.2797	143	0.2334	1273	99
1.8312-1.8628	0.265	144	0.2182	1276	100
1.8628-1.8966	0.2908	138	0.2219	1282	100
1.8966-1.9331	0.2461	138	0.2376	1268	100
1.9331-1.9726	0.2499	142	0.1973	1298	100
1.9726-2.0154	0.2285	144	0.1805	1269	100
2.0154-2.0623	0.2159	136	0.1596	1272	100
2.0623-2.1139	0.1914	144	0.1757	1282	100
2.1139-2.171	0.2132	142	0.1646	1288	100
2.171-2.2349	0.2176	144	0.1602	1270	100
2.2349-2.307	0.1853	147	0.1656	1251	100
2.307-2.3894	0.2061	147	0.1604	1307	100
2.3894-2.485	0.1899	145	0.1642	1249	100
2.485-2.5981	0.1971	146	0.1801	1307	100
2.5981-2.735	0.2338	135	0.1841	1267	100
2.735-2.9062	0.2192	135	0.1741	1289	100
2.9062-3.1304	0.2057	141	0.1849	1272	100
3.1304-3.4451	0.1742	144	0.1746	1277	100
3.4451-3.9427	0.1681	142	0.1575	1293	100
3.9427-4.9639	0.1709	142	0.1481	1270	100
4.9639-30.675	0.1771	148	0.1757	1293	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5887	0.415	-0.316	0.5349	-0.1042	0.5688	0.0161	0.0547	0.1687	0.1327	-0.0964	-0.1118	-0.228	0.3158	-0.0072	0.2123	-0.0112	0.0089	0.1829	0.0062	0.2318	-2.8469	-18.2778	-39.109
2	2.8345	-0.268	-0.3143	1.9786	-0.1994	3.4601	0.0707	-0.5383	0.0508	0.1886	0.0754	-0.0193	-0.3279	0.0682	-0.063	0.171	0.0028	0.0128	0.2601	-0.0273	0.1325	-10.2424	-22.8227	-14.3749
3	2.3984	0.1414	0.4457	1.3632	-0.3979	2.8639	0.032	0.0548	0.1579	0.0172	0.0316	0.0316	-0.2662	-0.1813	-0.0759	0.1682	0.0386	0.0268	0.1495	-0.0006	0.1864	-13.8319	-20.0431	-30.817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )	A	2 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 115 )	A	26 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 171 )	A	116 - 171

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)