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- PDB-8gyz: Crystal structure of transcription factor TGA7 from Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gyz
タイトルCrystal structure of transcription factor TGA7 from Arabidopsis
要素Transcription factor TGA7
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TGA7-palmitate complex / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TGA like domain / Seed dormancy control / DOG1 domain profile. / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Transcription factor TGA7
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Shi, X.Q. / Che, Z. / Ming, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of transcription factor TGA7 from Arabidopsis.
著者: Shi, X. / Che, Z. / Xu, G. / Ming, Z.
履歴
登録2022年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor TGA7
B: Transcription factor TGA7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0314
ポリマ－69,5182
非ポリマー5132
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.755, 85.840, 89.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor TGA7 / bZIP transcription factor 50 / AtbZIP50


分子量: 34759.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TGA7, BZIP50, At1g77920, F28K19.13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93ZE2
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.005M magnesium sulfate heptahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 6.0, 5% w/v polyethylene glycol 4000, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→61.94 Å / Num. obs: 59814 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 44.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / Num. unique obs: 4419 / CC1/2: 0.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
autoPROCデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Q93ZE2-F1

解像度: 2.06→55.942 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Author stated that 30% residues at N-terminal were in a highly flexible state, in which their electron densities could not be traced by X-ray diffraction.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 3461 6.03 %
Rwork0.1819 56205 -
obs0.1843 59814 88.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 44.0542 Å2 / Biso min: 18.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→55.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 36 145 3609
Biso mean--37.07 43.74 -
残基数----427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.06-2.08670.33891120.2831187477
2.0867-2.11520.30711280.2655190677
2.1152-2.14550.32891120.2574195879
2.1455-2.17750.25731220.2392193078
2.1775-2.21150.26361260.2349189278
2.2115-2.24780.2571610.2257100769
2.2478-2.28650.2546820.2223126576
2.2865-2.32810.2871460.2225215088
2.3281-2.37290.2691430.2237238696
2.3729-2.42130.22941500.2131234397
2.4213-2.4740.2511500.2076236696
2.474-2.53150.24831530.2012237897
2.5315-2.59480.23771490.1896240798
2.5948-2.6650.24021550.1959240498
2.665-2.74340.25011610.1791242099
2.7434-2.83190.19271580.1784246499
2.8319-2.93320.21191490.1873239799
2.9332-3.05060.211580.1879244999
3.0506-3.18940.241640.1818240799
3.1894-3.35760.22111540.1737242299
3.3576-3.56790.22761500.1765236396
3.5679-3.84330.17551000.1502144459
3.8433-4.22990.24541420.1497236196
4.2299-4.84170.18861530.1483240898
4.8417-6.09890.22081630.1852240899
6.0989-55.9420.17271680.1692239698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.3116 Å / Origin y: -6.6517 Å / Origin z: -25.0632 Å
111213212223313233
T0.1995 Å20.0102 Å20.0118 Å2-0.2354 Å2-0.0341 Å2--0.21 Å2
L0.5403 °2-0.6687 °20.7173 °2-1.431 °2-1.2613 °2--1.2059 °2
S0.1281 Å °0.1191 Å °-0.053 Å °-0.1672 Å °-0.0892 Å °0.0822 Å °0.1161 Å °0.1574 Å °-0.0339 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA149 - 360
2X-RAY DIFFRACTION1allB151 - 365
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 145
4X-RAY DIFFRACTION1allC501
5X-RAY DIFFRACTION1allD401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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