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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gyn | |||||||||
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タイトル | zebrafish TIPE1 strucutre in complex with PE | |||||||||
要素 | Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like protein 1 | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Lipid transfer protein / TIPE family | |||||||||
機能・相同性 | PI Metabolism / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like superfamily / Domain of unknown function (DUF758) / negative regulation of TOR signaling / regulation of apoptotic process / cytoplasm / Chem-6OU / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like protein 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, W. / Cao, S.J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2023 タイトル: Structural insight into TIPE1 functioning as a lipid transfer protein. 著者: Cao, S. / Zhang, Y. / Jiang, H. / Hou, X. / Wang, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gyn.cif.gz | 104.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gyn.ent.gz | 64.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gyn_validation.pdf.gz | 646.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gyn_full_validation.pdf.gz | 647.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gyn_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gyn_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3f4mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18687.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: tnfaip8l1, tnfaip8, si:dkey-49m19.6, zgc:55331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SZE8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-6OU / [( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M succinic acid, pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→34.02 Å / Num. obs: 30289 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 15.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2169 / CC1/2: 0.888 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3F4M 解像度: 1.38→25.66 Å / SU ML: 0.1161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.3929 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→25.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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