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- PDB-8gyh: Crystal structure of Fic25 (apo form) from Streptomyces ficellus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gyh
タイトルCrystal structure of Fic25 (apo form) from Streptomyces ficellus
要素DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Sugar aminotransferase / Biosynthetic enzyme / DADH
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / polysaccharide biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ficellus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kurosawa, S. / Yoshida, A. / Tomita, T. / Nishiyama, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24228001 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06168 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H00355 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Mechanisms of Sugar Aminotransferase-like Enzymes to Synthesize Stereoisomers of Non-proteinogenic Amino Acids in Natural Product Biosynthesis.
著者: Kurosawa, S. / Okamura, H. / Yoshida, A. / Tomita, T. / Sone, Y. / Hasebe, F. / Shinada, T. / Takikawa, H. / Kosono, S. / Nishiyama, M.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase
A: DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,46811
ポリマ－93,8242
非ポリマー6459
水13,421745
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The interface area was 2,313 square angstrom as calculated by PISA.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.658, 201.658, 56.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase / Glutamine--scyllo-inositol transaminase / Fic25


分子量: 46911.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ficellus (バクテリア)
遺伝子: EIZ62_06105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W5T2G9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Sodium citrate, 0.1 M Imidazole, pH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.484 Å / Num. obs: 122992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 6059 / CC1/2: 0.835

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model constructed by AlphaFold2 from the primary amino acid sequence of Fic25

解像度: 1.8→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.223 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 6325 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 116639 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.56 Å2 / Biso mean: 21.536 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6299 0 46 745 7090
Biso mean--32.05 31.21 -
残基数----838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0126654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.6489071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3221.56414019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.755867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.485570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1910972
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021406
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 454 -
Rwork0.257 8567 -
all-9021 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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