PDB-8gyg: Purification ,Crystallization and X-ray Diffraction analysis of a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gyg

タイトル

Purification ,Crystallization and X-ray Diffraction analysis of a novel arysulfatase from Pseudoalteromonas atlantica T6c

要素

Arysulfatase

キーワード

HYDROLASE / Arysulfatase / Crystal

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas atlantica T6c (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dong, P.P. / Wu, Y.K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Purification ,Crystallization and X-ray Diffraction analysis of a novel arysulfatase from Pseudoalteromonas atlantica T6c
著者: Dong, P.P. / Wu, Y.K.

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gyg.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gyg.ent.gz	107.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gyg_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gyg_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	8gyg_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	8gyg_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nksS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arysulfatase

B: Arysulfatase

ヘテロ分子

66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.170, 61.380, 89.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arysulfatase 分子量: 33342.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas atlantica T6c (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 % / 解説: strip
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2o%PEG 3350, 0.2M Sodium Thiocyamate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→38.61 Å / Num. obs: 85833 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / R_merge(I) obs: 1.077 / Num. unique obs: 6332 / CC_1/2: 0.528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6nks

6nks

解像度: 2→29.585 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2435	1965	4.9 %
R_work	0.2004	38105	-
obs	0.2025	40070	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.52 Å² / B_iso mean: 23.9035 Å² / B_iso min: 7.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4585	0	5	612	5202
B_iso mean	-	-	19.41	29.24	-
残基数	-	-	-	-	596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.05	0.2994	138	0.255	2709	100
2.05-2.1054	0.306	146	0.2488	2679	99
2.1054-2.1674	0.3077	146	0.25	2678	100
2.1674-2.2373	0.2716	143	0.2464	2731	100
2.2373-2.3172	0.3078	134	0.2469	2713	100
2.3172-2.41	0.3109	120	0.2407	2721	99
2.41-2.5196	0.3134	145	0.2423	2699	99
2.5196-2.6523	0.2878	148	0.2246	2702	99
2.6523-2.8184	0.2358	134	0.2149	2699	99
2.8184-3.0358	0.2766	149	0.2134	2705	99
3.0358-3.3409	0.244	143	0.2016	2723	100
3.3409-3.8235	0.1857	151	0.1674	2743	100
3.8235-4.8139	0.186	125	0.1423	2767	100
4.8139-29	0.1876	143	0.1649	2836	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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