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- PDB-8gyd: Structure of Schistosoma japonicum Glutathione S-transferase boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gyd
タイトルStructure of Schistosoma japonicum Glutathione S-transferase bound with the ligand complex of 16
要素Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
キーワードTRANSFERASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0IH / ETHANOL / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wen, X. / Jin, R. / Hu, H. / Zhu, J. / Song, W. / Lu, X.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877117 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82173831 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21907105 中国
Shanghai Pujiang Program2019PJD056 中国
Science and Technology Commission of Shanghai Municipality21ZR1475000 中国
Shanghai Municipal Science and Technology Major Project 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery, SAR Study of GST Inhibitors from a Novel Quinazolin-4(1 H )-one Focused DNA-Encoded Library.
著者: Wen, X. / Zhang, M. / Duan, Z. / Suo, Y. / Lu, W. / Jin, R. / Mu, B. / Li, K. / Zhang, X. / Meng, L. / Hong, Y. / Wang, X. / Hu, H. / Zhu, J. / Song, W. / Shen, A. / Lu, X.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,76615
ポリマ－54,4952
非ポリマー2,27113
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: This assembly has been reported by multiple PDB structures
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.149, 64.149, 227.652
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST


分子量: 27247.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08515, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-0IH / (2R)-2-[[2-(5-chloranylthiophen-2-yl)-4-oxidanylidene-6-[2-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]quinazolin-3-yl]methyl]-3-(4-chlorophenyl)propanoic acid


分子量: 603.478 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H20Cl2N6O3S
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 49% Saturated ammonium sulfate, 0.3 M Sodium acetate, pH 5.6, 2% ethanol, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→55.55 Å / Num. obs: 56854 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 20.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2979 / CC1/2: 0.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M9B

1m9b


解像度: 1.7→16.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Blow DPI: 0.095 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 2842 -RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1943 56790 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8982 Å20 Å20 Å2
2---3.8982 Å20 Å2
3---7.7964 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 153 247 3930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083790HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.925114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1309SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes617HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3790HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion445SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3617SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.83
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 55 -
Rwork0.2452 --
obs0.2476 1136 96.71 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.473-0.5238-0.85161.39650.0273.9890.10550.1139-0.26050.1139-0.0148-0.2006-0.2605-0.2006-0.0907-0.00960.04280.04260.01430.02420.0171-2.2849-23.5957-6.7737
21.0812-0.4292-0.16462.1466-0.17513.1342-0.09060.12960.56750.1296-0.08360.34750.56750.34750.17420.17050.07130.04060.02580.00820.040610.4101-43.9147-1.9852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|305 }A1 - 216
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|305 }A302 - 305
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|304 }B2 - 216
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|304 }B301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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