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- PDB-8gyc: Annexin A5 protein dimer mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gyc
タイトルAnnexin A5 protein dimer mutant
要素Annexin A5
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / calcium-binding / apoptosis-detection
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation ...phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation / : / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A5 / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hua, Z.C. / Tang, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81630092 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol.Sin. / 年: 2025
タイトル: A novel annexin dimer targets microglial phagocytosis of astrocytes to protect the brain-blood barrier after cerebral ischemia.
著者: Tang, W. / Cheng, R. / Gao, M.Y. / Hu, M.J. / Zhang, L. / Wang, Q. / Li, X.Y. / Yan, W. / Wang, X.Y. / Yang, H.M. / Cheng, J. / Hua, Z.C.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A5
B: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3009
ポリマ－72,0192
非ポリマー2817
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.198, 79.743, 133.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Annexin A5 / Anchorin CII / Annexin V / Annexin-5 / Calphobindin I / CPB-I / Endonexin II / Lipocortin V / ...Anchorin CII / Annexin V / Annexin-5 / Calphobindin I / CPB-I / Endonexin II / Lipocortin V / Placental anticoagulant protein 4 / PP4 / Placental anticoagulant protein I / PAP-I / Thromboplastin inhibitor / Vascular anticoagulant-alpha / VAC-alpha


分子量: 36009.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA5, ANX5, ENX2, PP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08758
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, sodium chloride, 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 68560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 21.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.729 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 854364
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8311.51.95333990.7570.592.0430.50999.8
1.83-1.8612.51.62833830.840.4691.6960.528100
1.86-1.912.81.4333960.8760.4091.4880.55199.9
1.9-1.9412.61.11333810.9010.3221.160.603100
1.94-1.9812.60.91733740.9330.2650.9550.61100
1.98-2.0312.50.72634080.9550.210.7560.63999.9
2.03-2.0812.30.61633640.960.1820.6430.69899.9
2.08-2.1311.90.48633920.970.1460.5080.70499.9
2.13-2.211.20.39433940.9780.1220.4130.75699.9
2.2-2.27130.35234170.9820.1010.3670.73399.9
2.27-2.3512.90.29834010.9860.0860.310.75499.9
2.35-2.4412.80.26234260.9890.0760.2730.751100
2.44-2.5512.70.22734090.9910.0670.2370.76999.9
2.55-2.6912.50.19434110.9920.0570.2030.79699.9
2.69-2.8611.50.1734270.9930.0520.1780.80299.7
2.86-3.0813.40.15434440.9920.0440.160.792100
3.08-3.3913.20.13134590.9960.0380.1360.832100
3.39-3.8812.70.11734920.9950.0340.1220.869100
3.88-4.8812.50.10535010.9930.0310.110.95199.6
4.88-50120.09236820.9960.0280.0960.89599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVH

1avh


解像度: 1.8→24.98 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 3210 4.98 %
Rwork0.2577 61287 -
obs0.2592 64497 93.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.95 Å2 / Biso mean: 26.8015 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 7 571 5610
Biso mean--83.68 31.25 -
残基数----638
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.830.5136980.52311772187063
1.83-1.860.5155990.44472097219674
1.86-1.890.40611080.43252176228478
1.89-1.920.38121060.39752293239981
1.92-1.960.38861150.37692427254286
1.96-20.36211420.36512554269691
2-2.040.39221440.34062664280895
2.04-2.080.28291530.34592749290298
2.08-2.130.3311350.31822782291798
2.13-2.180.32931510.30732772292399
2.18-2.240.31181410.275828572998100
2.24-2.310.33511740.270227822956100
2.31-2.380.34661570.258428082965100
2.38-2.470.29921510.257628182969100
2.47-2.570.26771490.249428452994100
2.57-2.680.23831450.23528242969100
2.68-2.820.23821550.227428282983100
2.82-30.30091560.229328643020100
3-3.230.30181350.228728502985100
3.23-3.560.24841500.215328733023100
3.56-4.070.23181400.19532894303499
4.07-5.120.22281510.187729043055100
5.12-24.980.25841550.24762854300993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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