PDB-8gyb: Crystal structure of Alongshan virus methyltransferase bound to S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gyb

タイトル

Crystal structure of Alongshan virus methyltransferase bound to S-adenosyl-L-homocysteine

要素

Methyltransferase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / methyltransferase activity / methylation / hydrolase activity / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / host cell nucleus / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Alongshan virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Chen, H. / Lin, S. / Lu, G.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional basis of low-affinity SAM/SAH-binding in the conserved MTase of the multi-segmented Alongshan virus distantly related to canonical unsegmented flaviviruses.
著者: Chen, H. / Lin, S. / Yang, F. / Chen, Z. / Guo, L. / Yang, J. / Lin, X. / Wang, L. / Duan, Y. / Wen, A. / Zhang, X. / Dai, Y. / Yin, K. / Yuan, X. / Yu, C. / He, Y. / He, B. / Cao, Y. / Dong, ...

履歴

登録	2022年9月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gyb.cif.gz	412.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gyb.ent.gz	336.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gyb_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gyb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8gyb_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	8gyb_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gy4SC 8gy9C 8gyaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (4) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.841, 170.508, 172.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Methyltransferase 分子量: 31855.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alongshan virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A344X2I6
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 3.0M Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 77683 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.297
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.409 / Num. unique obs: 7649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8GY4

8gy4

解像度: 2.101→48.182 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	3827	4.95 %
R_work	0.2099	-	-
obs	0.2112	77355	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→48.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7953	0	0	779	8732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	10942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.579	4943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1011-2.1277	0.2891	139	0.2553	2245	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1277-2.1557	0.2837	130	0.2389	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1557-2.1852	0.2798	126	0.2455	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1852-2.2164	0.2678	149	0.2337	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2164-2.2495	0.2727	135	0.2371	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2495-2.2847	0.3035	162	0.2353	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2847-2.3221	0.2684	150	0.2393	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3221-2.3621	0.2994	152	0.2316	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3621-2.4051	0.2475	143	0.2345	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4051-2.4514	0.2368	122	0.2295	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4514-2.5014	0.2898	130	0.2332	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5014-2.5558	0.2636	127	0.2276	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5558-2.6152	0.2491	114	0.2375	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6152-2.6806	0.2548	124	0.2327	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6806-2.7531	0.289	121	0.2318	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7531-2.8341	0.2687	144	0.2233	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8341-2.9256	0.2633	169	0.2392	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9256-3.0301	0.2791	132	0.223	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0301-3.1514	0.2863	129	0.2175	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1514-3.2948	0.2514	143	0.2135	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2948-3.4685	0.2346	164	0.2003	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4685-3.6857	0.2173	148	0.1949	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6857-3.9702	0.2064	168	0.182	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9702-4.3695	0.193	158	0.1665	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3695-5.0012	0.1788	152	0.1654	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0012-6.2987	0.2028	144	0.2078	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2987-48.182	0.1892	152	0.1989	2884	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.3619 Å / Origin y: 1.1242 Å / Origin z: -20.0836 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2208 Å²	0.0053 Å²	-0.0023 Å²	-	0.1945 Å²	-0.0084 Å²	-	-	0.1454 Å²
L	0.6699 °²	0.4583 °²	0.0249 °²	-	0.4862 °²	0.049 °²	-	-	0.0633 °²
S	0.007 Å °	0.039 Å °	-0.004 Å °	0.109 Å °	0.03 Å °	-0.0063 Å °	0.0023 Å °	0.0178 Å °	-0.0371 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)