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万見
- PDB-8gy9: Crystal structure of Alongshan virus methyltransferase bound to S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gy9
タイトルCrystal structure of Alongshan virus methyltransferase bound to S-adenosyl-L-methionine
要素Methyltransferase
キーワードVIRAL PROTEIN / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / methyltransferase activity / methylation / hydrolase activity / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / host cell nucleus / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / NS5-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alongshan virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, H. / Lin, S. / Lu, G.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional basis of low-affinity SAM/SAH-binding in the conserved MTase of the multi-segmented Alongshan virus distantly related to canonical unsegmented flaviviruses.
著者: Chen, H. / Lin, S. / Yang, F. / Chen, Z. / Guo, L. / Yang, J. / Lin, X. / Wang, L. / Duan, Y. / Wen, A. / Zhang, X. / Dai, Y. / Yin, K. / Yuan, X. / Yu, C. / He, Y. / He, B. / Cao, Y. / Dong, ...著者: Chen, H. / Lin, S. / Yang, F. / Chen, Z. / Guo, L. / Yang, J. / Lin, X. / Wang, L. / Duan, Y. / Wen, A. / Zhang, X. / Dai, Y. / Yin, K. / Yuan, X. / Yu, C. / He, Y. / He, B. / Cao, Y. / Dong, H. / Li, J. / Zhao, Q. / Liu, Q. / Lu, G.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
B: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5084
ポリマ－63,7112
非ポリマー7972
水3,225179
1
A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2542
ポリマ－31,8551
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2542
ポリマ－31,8551
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.572, 119.572, 87.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Methyltransferase


分子量: 31855.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alongshan virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A344X2I6
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28864 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 11.529
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.966 / Num. unique obs: 2835

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GY4

8gy4


解像度: 2.3→33.163 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 1368 4.75 %RANDOM
Rwork0.1915 27423 --
obs0.1938 28791 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 44.0013 Å2 / Biso min: 21.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 0 54 179 4247
Biso mean--46.63 45.02 -
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0485603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.42529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3003-2.38250.31581260.22222705100
2.3825-2.47790.25221430.21672691100
2.4779-2.59060.25411320.20282700100
2.5906-2.72710.2491330.20532706100
2.7271-2.89790.28081480.20132689100
2.8979-3.12150.25661380.20332724100
3.1215-3.43530.22781300.18592746100
3.4353-3.93170.23651330.17312764100
3.9317-4.95090.18381460.1612802100
4.9509-33.1630.27611390.2146289698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.6522 Å / Origin y: 43.3974 Å / Origin z: 21.6103 Å
111213212223313233
T0.2744 Å2-0.0276 Å2-0.0166 Å2-0.2637 Å20.011 Å2--0.2497 Å2
L0.7168 °2-0.4642 °20.368 °2-0.6082 °2-0.3884 °2--0.3764 °2
S0.0452 Å °0.0266 Å °-0.0813 Å °-0.0139 Å °-0.0149 Å °0.0482 Å °0.0412 Å °-0.0462 Å °-0.0265 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA38 - 299
2X-RAY DIFFRACTION1allA1001
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 179
4X-RAY DIFFRACTION1allB38 - 298
5X-RAY DIFFRACTION1allB1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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