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万見
- PDB-8gy8: The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gy8
タイトルThe structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus
要素Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nuclease RecJ2
機能・相同性Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / translation initiation factor activity / Translation initiation factor (IF-2 homolog)
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Wang, W.W. / Liu, X.P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170097 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1832161 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41921006 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus
著者: Yi, G.S. / Huang, Q.Y. / Wang, W.W. / Yu, F. / Xiao, X. / Liu, X.P.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)
B: Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7443
ポリマ－87,6482
非ポリマー961
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area37180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.250, 110.490, 126.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative translation initiation factor (IF-2 homolog) / Bax1


分子量: 43824.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: PF1903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZT0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 0.2M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50.05 Å / Num. obs: 85680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 620986 / Scaling rejects: 174
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.94-1.997.41.0594612762500.6850.4171.1392.2100
8.68-50.055.90.042636410780.9950.020.04750.998.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.9データスケーリング
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→45.59 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 4299 5.02 %
Rwork0.1977 81300 -
obs0.1987 85599 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.97 Å2 / Biso mean: 47.7801 Å2 / Biso min: 20.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 5 430 6595
Biso mean--33.07 49.54 -
残基数----750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-1.960.3851470.360826652812100
1.96-1.990.41321250.317526612786100
1.99-2.010.30771660.283226982864100
2.01-2.030.29031290.250226752804100
2.03-2.060.28511430.243226672810100
2.06-2.090.2691340.227427002834100
2.09-2.120.23221500.21626812831100
2.12-2.150.23431240.211827052829100
2.15-2.180.24681470.205226712818100
2.18-2.220.22981440.205826762820100
2.22-2.260.23121210.21527162837100
2.26-2.30.2351650.210426672832100
2.3-2.340.19211520.205626572809100
2.34-2.390.24821500.208627042854100
2.39-2.440.22681250.208326942819100
2.44-2.50.23161370.206527292866100
2.5-2.560.25121400.212326792819100
2.56-2.630.26531490.211226952844100
2.63-2.710.23451490.207326892838100
2.71-2.80.251500.2127162866100
2.8-2.90.25491490.207526912840100
2.9-3.010.21951520.212527062858100
3.01-3.150.22371330.207827332866100
3.15-3.320.24511360.198827202856100
3.32-3.520.20911480.183627402888100
3.53-3.80.20481460.175227342880100
3.8-4.180.161280.170527572885100
4.18-4.780.15511480.151227752923100
4.78-6.020.1941420.188928112953100
6.02-45.590.21791700.20742888305899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.244-1.48013.63694.20211.42688.12090.45130.3101-0.6296-0.2976-0.0358-0.41940.26360.8125-0.48120.3110.0077-0.0290.30040.02960.393636.36460.484642.5921
27.91911.7087-2.08582.6652-0.70474.2213-0.08210.3397-0.6362-0.29-0.051-0.19510.14460.05810.10420.32960.0453-0.00390.261-0.00070.193255.15121.383852.438
33.87520.9453-3.33980.857-0.33383.77130.0949-0.32220.06170.2441-0.068-0.1361-0.11710.3173-0.00480.2732-0.0177-0.06080.28890.00090.242477.901212.124842.1582
41.9747-1.60151.07743.1065-1.68112.74720.0122-0.05410.09470.2040.019-0.0242-0.2253-0.0187-0.02470.2379-0.00580.03030.21260.01710.260735.078318.454843.1269
52.5483-0.91760.762.755-1.63863.2973-0.0412-0.18710.2370.40130.0037-0.2134-0.6513-0.01150.02750.313-0.02470.02880.25750.04240.310532.925313.794745.977
63.87640.7005-1.22658.5257-0.9254.05340.356-0.25270.4920.1712-0.09650.152-0.86150.041-0.06570.4580.06350.12180.27090.04650.330128.448642.811935.8032
71.4589-0.2833-0.04386.1015-0.03711.91030.02370.29340.1205-0.7213-0.01920.1187-0.3779-0.1972-0.03050.40840.07130.04370.30110.08820.275229.473534.369625.7571
83.30443.14520.07573.48990.5666.48270.4022-0.1676-0.32660.0984-0.07330.24270.1229-0.4697-0.21890.20410.02260.03820.21840.00890.146669.85831.457319.0383
95.9063-1.5276-2.35250.92340.60481.64370.01540.5597-0.1494-0.1495-0.04960.127-0.0545-0.28170.02410.282-0.0254-0.01760.2813-0.00720.251138.72923.242416.1301
101.19781.19210.16293.11741.42141.2959-0.0639-0.00480.2682-0.3149-0.02060.1633-0.251-0.00660.05920.19650.0395-0.00860.2219-0.00940.220871.299218.509716.7363
111.91350.5418-0.58066.1118-0.3483.4592-0.0424-0.20.35380.1574-0.0673-0.2914-0.41170.21210.10640.2909-0.0033-0.09310.2827-0.10040.457577.011937.275926.4031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )A1 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 72 )A23 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 142 )A73 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 143 through 222 )A143 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 223 through 262 )A223 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 263 through 304 )A263 - 304
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 305 through 375 )A305 - 375
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 22 )B1 - 22
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 142 )B23 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 143 through 276 )B143 - 276
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 277 through 375 )B277 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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