PDB-8gy8: The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gy8

タイトル

The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus

要素

Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / nuclease RecJ2

機能・相同性

Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / translation initiation factor activity / Translation initiation factor (IF-2 homolog)

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Wang, W.W. / Liu, X.P.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170097	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	U1832161	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	41921006	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus
著者: Yi, G.S. / Huang, Q.Y. / Wang, W.W. / Yu, F. / Xiao, X. / Liu, X.P.

履歴

登録	2022年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gy8.cif.gz	327.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gy8.ent.gz	267.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gy8_validation.pdf.gz	816.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gy8_full_validation.pdf.gz	830 KB	表示
XML形式データ	8gy8_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	8gy8_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)

B: Putative translation initiation factor (IF-2 homolog)

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.250, 110.490, 126.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative translation initiation factor (IF-2 homolog) / Bax1 分子量: 43824.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 遺伝子: PF1903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZT0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 0.2M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50.05 Å / Num. obs: 85680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 620986 / Scaling rejects: 174

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.94-1.99	7.4	1.059	46127	6250	0.685	0.417	1.139	2.2	100
8.68-50.05	5.9	0.042	6364	1078	0.995	0.02	0.047	50.9	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHENIX	1.20_4459	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.94→45.59 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	4299	5.02 %
R_work	0.1977	81300	-
obs	0.1987	85599	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.97 Å² / B_iso mean: 47.7801 Å² / B_iso min: 20.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→45.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6160	0	5	430	6595
B_iso mean	-	-	33.07	49.54	-
残基数	-	-	-	-	750

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.385	147	0.3608	2665	2812	100
1.96-1.99	0.4132	125	0.3175	2661	2786	100
1.99-2.01	0.3077	166	0.2832	2698	2864	100
2.01-2.03	0.2903	129	0.2502	2675	2804	100
2.03-2.06	0.2851	143	0.2432	2667	2810	100
2.06-2.09	0.269	134	0.2274	2700	2834	100
2.09-2.12	0.2322	150	0.216	2681	2831	100
2.12-2.15	0.2343	124	0.2118	2705	2829	100
2.15-2.18	0.2468	147	0.2052	2671	2818	100
2.18-2.22	0.2298	144	0.2058	2676	2820	100
2.22-2.26	0.2312	121	0.215	2716	2837	100
2.26-2.3	0.235	165	0.2104	2667	2832	100
2.3-2.34	0.1921	152	0.2056	2657	2809	100
2.34-2.39	0.2482	150	0.2086	2704	2854	100
2.39-2.44	0.2268	125	0.2083	2694	2819	100
2.44-2.5	0.2316	137	0.2065	2729	2866	100
2.5-2.56	0.2512	140	0.2123	2679	2819	100
2.56-2.63	0.2653	149	0.2112	2695	2844	100
2.63-2.71	0.2345	149	0.2073	2689	2838	100
2.71-2.8	0.25	150	0.21	2716	2866	100
2.8-2.9	0.2549	149	0.2075	2691	2840	100
2.9-3.01	0.2195	152	0.2125	2706	2858	100
3.01-3.15	0.2237	133	0.2078	2733	2866	100
3.15-3.32	0.2451	136	0.1988	2720	2856	100
3.32-3.52	0.2091	148	0.1836	2740	2888	100
3.53-3.8	0.2048	146	0.1752	2734	2880	100
3.8-4.18	0.16	128	0.1705	2757	2885	100
4.18-4.78	0.1551	148	0.1512	2775	2923	100
4.78-6.02	0.194	142	0.1889	2811	2953	100
6.02-45.59	0.2179	170	0.2074	2888	3058	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.244	-1.4801	3.6369	4.2021	1.4268	8.1209	0.4513	0.3101	-0.6296	-0.2976	-0.0358	-0.4194	0.2636	0.8125	-0.4812	0.311	0.0077	-0.029	0.3004	0.0296	0.3936	36.3646	0.4846	42.5921
2	7.9191	1.7087	-2.0858	2.6652	-0.7047	4.2213	-0.0821	0.3397	-0.6362	-0.29	-0.051	-0.1951	0.1446	0.0581	0.1042	0.3296	0.0453	-0.0039	0.261	-0.0007	0.1932	55.1512	1.3838	52.438
3	3.8752	0.9453	-3.3398	0.857	-0.3338	3.7713	0.0949	-0.3222	0.0617	0.2441	-0.068	-0.1361	-0.1171	0.3173	-0.0048	0.2732	-0.0177	-0.0608	0.2889	0.0009	0.2424	77.9012	12.1248	42.1582
4	1.9747	-1.6015	1.0774	3.1065	-1.6811	2.7472	0.0122	-0.0541	0.0947	0.204	0.019	-0.0242	-0.2253	-0.0187	-0.0247	0.2379	-0.0058	0.0303	0.2126	0.0171	0.2607	35.0783	18.4548	43.1269
5	2.5483	-0.9176	0.76	2.755	-1.6386	3.2973	-0.0412	-0.1871	0.237	0.4013	0.0037	-0.2134	-0.6513	-0.0115	0.0275	0.313	-0.0247	0.0288	0.2575	0.0424	0.3105	32.9253	13.7947	45.977
6	3.8764	0.7005	-1.2265	8.5257	-0.925	4.0534	0.356	-0.2527	0.492	0.1712	-0.0965	0.152	-0.8615	0.041	-0.0657	0.458	0.0635	0.1218	0.2709	0.0465	0.3301	28.4486	42.8119	35.8032
7	1.4589	-0.2833	-0.0438	6.1015	-0.0371	1.9103	0.0237	0.2934	0.1205	-0.7213	-0.0192	0.1187	-0.3779	-0.1972	-0.0305	0.4084	0.0713	0.0437	0.3011	0.0882	0.2752	29.4735	34.3696	25.7571
8	3.3044	3.1452	0.0757	3.4899	0.566	6.4827	0.4022	-0.1676	-0.3266	0.0984	-0.0733	0.2427	0.1229	-0.4697	-0.2189	0.2041	0.0226	0.0382	0.2184	0.0089	0.1466	69.8583	1.4573	19.0383
9	5.9063	-1.5276	-2.3525	0.9234	0.6048	1.6437	0.0154	0.5597	-0.1494	-0.1495	-0.0496	0.127	-0.0545	-0.2817	0.0241	0.282	-0.0254	-0.0176	0.2813	-0.0072	0.2511	38.7292	3.2424	16.1301
10	1.1978	1.1921	0.1629	3.1174	1.4214	1.2959	-0.0639	-0.0048	0.2682	-0.3149	-0.0206	0.1633	-0.251	-0.0066	0.0592	0.1965	0.0395	-0.0086	0.2219	-0.0094	0.2208	71.2992	18.5097	16.7363
11	1.9135	0.5418	-0.5806	6.1118	-0.348	3.4592	-0.0424	-0.2	0.3538	0.1574	-0.0673	-0.2914	-0.4117	0.2121	0.1064	0.2909	-0.0033	-0.0931	0.2827	-0.1004	0.4575	77.0119	37.2759	26.4031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 72 )	A	23 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 142 )	A	73 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 222 )	A	143 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 223 through 262 )	A	223 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 263 through 304 )	A	263 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 305 through 375 )	A	305 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 22 )	B	1 - 22
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 23 through 142 )	B	23 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 143 through 276 )	B	143 - 276
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 277 through 375 )	B	277 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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