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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gy8 | ||||||||||||
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Title | The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus | ||||||||||||
![]() | Putative translation initiation factor (IF-2 homolog) | ||||||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / nuclease RecJ2 | ||||||||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / translation initiation factor activity / Translation initiation factor (IF-2 homolog)![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, W.W. / Liu, X.P. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The structure of Bax1 from Pyrococcus furiosus Authors: Yi, G.S. / Huang, Q.Y. / Wang, W.W. / Yu, F. / Xiao, X. / Liu, X.P. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 327.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 816.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 830 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43824.188 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: PF1903 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 0.2M Lithium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→50.05 Å / Num. obs: 85680 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 620986 / Scaling rejects: 174 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.97 Å2 / Biso mean: 47.7801 Å2 / Biso min: 20.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→45.59 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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