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万見
- PDB-8gy1: Crystal structure of Ag+ binding to Dendrorhynchus zhejiangensis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gy1
タイトルCrystal structure of Ag+ binding to Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ag+-bound DzFer
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Dendrorhynchus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ming, T.H. / Su, X.R. / Huo, C.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41676159 中国
引用ジャーナル: Polymers (Basel) / 年: 2023
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Silver/Copper Binding by Dendrorhynchus zhejiangensis Ferritin.
著者: Huo, C. / Ming, T. / Wu, Y. / Huan, H. / Qiu, X. / Lu, C. / Li, Y. / Zhang, Z. / Han, J. / Su, X.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2468
ポリマ－19,5221
非ポリマー7247
水3,477193
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,892192
ポリマ－468,52824
非ポリマー17,365168
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
crystal symmetry operation5_564z,x+1,y-11
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_564-z,-x+1,y-11
crystal symmetry operation8_566-z,x+1,-y+11
crystal symmetry operation9_465y-1,z+1,x1
crystal symmetry operation10_665-y+1,z+1,-x1
crystal symmetry operation11_465y-1,-z+1,-x1
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_465y-1,x+1,-z1
crystal symmetry operation14_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation15_465y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation17_566x,z+1,-y+11
crystal symmetry operation18_564-x,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_566-x,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_564x,-z+1,y-11
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_575z,-y+2,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_575-z,-y+2,-x1
Buried area104940 Å2
ΔGint-688 kcal/mol
Surface area132550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.212, 148.212, 148.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

AG

21A-207-

AG

31A-470-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19521.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendrorhynchus (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F4Y4C2, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: DzFer crystals were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v PEG monomethyl ether 2000, followed by soaking for 10 min with 20% glycerol and 100 mM AgNO3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL17B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→106.78 Å / Num. obs: 21003 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 3175 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACccp4-7.0.024精密化
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→104.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18965 1107 5 %RANDOM
Rwork0.1508 ---
obs0.15273 21003 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→104.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 17 193 1576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.9461896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09832937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3025170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61324.87278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02315256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.748158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9043.096680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8223.087679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9134.616850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9254.629851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2093.69732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1693.691732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5395.2851046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.42640.1121919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.34839.1681857
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 73 -
Rwork0.219 1537 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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