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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gxv | |||||||||
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タイトル | Structure of a bacterial serpin Choloropin derived from Cholorobium limicola | |||||||||
![]() | Proteinase inhibitor I4 serpin | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Serpin / Serine Proteinase Inhibitor / Metastable conformation / DNA binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, A. / Xu, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Climpin, a Novel Bacterial a Serpin inducing a Broad Range of Proteases and Regulated by Heparin and DNA. 著者: Zhou, A. / Xu, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ee5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41684.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Clim_1363 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG MME 550, 0.1M MES pH 6.5, 0.01M Zinc Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→60.91 Å / Num. obs: 25206 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02969 / Net I/σ(I): 15.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 2453 / CC1/2: 0.959 / CC star: 0.989 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6EE5 解像度: 2.2→60.91 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.57 Å2 / Biso mean: 30.4848 Å2 / Biso min: 14.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→60.91 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.7961 Å / Origin y: -20.5671 Å / Origin z: -21.0001 Å
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精密化 TLSグループ |
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