PDB-8gxj: Pseudomonas aeruginosa N-acetyltransferase domain-containing prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gxj

タイトル

Pseudomonas aeruginosa N-acetyltransferase domain-containing protein PA3270

要素

N-acetyltransferase domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Apo-form of PA3270 / ACETYLTRANSFERASE

機能・相同性

Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / N-acetyltransferase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Song, Y.J. / Bao, R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The novel type II toxin-antitoxin PacTA modulates Pseudomonas aeruginosa iron homeostasis by obstructing the DNA-binding activity of Fur.
著者: Song, Y. / Zhang, S. / Ye, Z. / Song, Y. / Chen, L. / Tong, A. / He, Y. / Bao, R.

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gxj.cif.gz	180.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gxj.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gxj_validation.pdf.gz	387.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gxj_full_validation.pdf.gz	397 KB	表示
XML形式データ	8gxj_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	8gxj_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gxfC 8gxkC 1yreS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

C: N-acetyltransferase domain-containing protein

D: N-acetyltransferase domain-containing protein

87.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

C: N-acetyltransferase domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Molecular exclusion chromatography showed that the protein existed in dimer form
43.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

D: N-acetyltransferase domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.250, 100.250, 147.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	N-acetyltransferase domain-containing protein 分子量: 21930.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA3270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYX1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1% n-Octyl-D-glucoside, 0.1M Sodium citrate pH 5.5, 22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→17.41 Å / Num. obs: 74789 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 13.68 % / B_iso Wilson estimate: 39.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 39.34
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5420 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000	v1.0	データ削減
HKL-2000	v1.0	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YRE

1yre

解像度: 2.18→17.41 Å / SU ML: 0.271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5673 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	3744	5.01 %
R_work	0.2084	71045	-
obs	0.2108	74789	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→17.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5901	0	0	93	5994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	6023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1575	8163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0646	898
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.9084	2266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.3332	137	0.2985	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.21-2.24	0.3385	138	0.2866	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.24-2.27	0.3391	136	0.2835	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.3	0.3331	141	0.272	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.3-2.33	0.3341	142	0.2685	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.33-2.37	0.2846	135	0.259	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.2786	132	0.244	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.2908	140	0.2433	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.45-2.49	0.2663	142	0.2419	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.3224	135	0.241	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2893	142	0.2406	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.59-2.65	0.3139	138	0.2352	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.71	0.2865	136	0.2312	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.2895	140	0.2284	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.85	0.2854	136	0.2343	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.94	0.2763	139	0.2235	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.03	0.3162	132	0.2289	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.14	0.2925	138	0.2216	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.27	0.3012	139	0.2209	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.41	0.2631	138	0.2029	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.41-3.59	0.2638	144	0.2106	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.81	0.2007	143	0.1887	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.81-4.1	0.2245	144	0.1762	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.1-4.51	0.2277	138	0.1637	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.51-5.15	0.1982	134	0.17	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-6.43	0.2946	146	0.2251	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.43-17.41	0.1767	139	0.177	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.86

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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