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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gxb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD+ -II riboswitch in complex with NAD+ | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN/RNA / riboswitch / NAD+ / noncoding RNA / RNA / PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, X.C. / Ren, A.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Structure-based investigations of the NAD+-II riboswitch. 著者: Xu, X. / Egger, M. / Li, C. / Chen, H. / Micura, R. / Ren, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gxb.cif.gz | 188.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gxb.ent.gz | 143.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gxb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gxb_validation.pdf.gz | 1005.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gxb_full_validation.pdf.gz | 1010.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gxb_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gxb_validation.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gxcC 6lasS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 19798.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) #2: タンパク質 | 分子量: 11209.120 Da / 分子数: 5 / Mutation: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M MES pH 5.6, 5% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 57920 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Χ2: 0.056 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 734175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LAS 解像度: 2.15→28.73 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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