PDB-8gvl: PTPN21 FERM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gvl

タイトル

PTPN21 FERM

要素

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 21

キーワード

PROTEIN BINDING / PTPN21 / phosphotase / FERM

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chen, L. / Zheng, Y.Y. / Zhou, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of PTPN21 reveals a dominant-negative effect of the FERM domain on its phosphatase activity.
著者: Chen, L. / Qian, Z. / Zheng, Y. / Zhang, J. / Sun, J. / Zhou, C. / Xiao, H.

履歴

登録	2022年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gvl.cif.gz	255.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gvl.ent.gz	205.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gvl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gvl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8gvl_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	8gvl_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gvvC 8gwhC 8gxeC 2al6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (11) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 21

B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 21

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.452, 105.443, 162.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 21 / Protein-tyrosine phosphatase D1 分子量: 35106.707 Da / 分子数: 2 / 断片: PTPN21 FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN21, PTPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16825, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→27.96 Å / Num. obs: 80119 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.02846 / Net I/σ(I): 16.19
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / Num. unique obs: 2717 / CC_1/2: 0.897 / R_pim(I) all: 0.2216

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc1_4392	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AL6

2al6

解像度: 2.1→27.96 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	3850	4.81 %
R_work	0.1925	76269	-
obs	0.1943	80119	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.84 Å² / B_iso mean: 50.1404 Å² / B_iso min: 16.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→27.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4736	0	24	237	4997
B_iso mean	-	-	41.65	45.98	-
残基数	-	-	-	-	573

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.318	143	0.268	2717	2860	100
2.13-2.15	0.2823	138	0.2535	2762	2900	100
2.15-2.18	0.284	132	0.2507	2758	2890	100
2.18-2.21	0.2453	143	0.2423	2658	2801	100
2.21-2.24	0.2575	113	0.244	2731	2844	100
2.24-2.28	0.3068	131	0.2289	2778	2909	100
2.28-2.31	0.2544	143	0.2183	2744	2887	100
2.31-2.35	0.2923	131	0.2159	2663	2794	100
2.35-2.39	0.2741	117	0.1993	2756	2873	100
2.39-2.43	0.2243	115	0.2044	2781	2896	100
2.43-2.48	0.2438	132	0.2092	2699	2831	100
2.48-2.53	0.2317	158	0.2192	2727	2885	100
2.53-2.59	0.2584	117	0.2081	2773	2890	100
2.59-2.65	0.2612	166	0.2179	2652	2818	100
2.65-2.71	0.2561	133	0.2155	2733	2866	100
2.71-2.78	0.207	140	0.2116	2718	2858	100
2.78-2.87	0.2413	133	0.1996	2709	2842	100
2.87-2.96	0.2075	130	0.2085	2776	2906	100
2.96-3.06	0.2489	152	0.2118	2686	2838	100
3.06-3.19	0.2722	139	0.2083	2777	2916	100
3.19-3.33	0.2225	155	0.1992	2658	2813	100
3.33-3.51	0.2707	128	0.1908	2754	2882	100
3.51-3.73	0.2423	154	0.1757	2690	2844	100
3.73-4.01	0.223	142	0.1702	2708	2850	100
4.01-4.42	0.1706	128	0.1637	2737	2865	100
4.42-5.05	0.23	164	0.159	2706	2870	100
5.05-6.35	0.2093	142	0.1922	2707	2849	100
6.35-27.96	0.1659	131	0.1581	2711	2842	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6861	0.2263	0.4166	4.1412	0.7586	3.3855	-0.2987	0.0296	0.8306	-0.0148	0.0945	-0.3133	-0.7267	0.1737	0.1416	0.3805	0.0144	-0.1012	0.2328	-0.0215	0.3923	18.169	-0.163	-20.503
2	1.0088	-0.8349	-1.1351	1.961	1.7167	3.5646	-0.2413	-0.077	-0.1198	0.5117	0.0013	0.1148	0.3683	0.1333	0.2073	0.3787	0.0092	-0.0317	0.2036	-0.0099	0.2374	17.155	-23.517	-21.889
3	5.463	0.2976	0.9088	5.0294	0.3347	3.8871	-0.0232	-0.578	-0.3777	0.7293	0.0051	0.1407	0.3773	-0.3937	0.0451	0.513	0.058	0.047	0.3179	-0.0014	0.3344	0.591	-6.886	-0.727
4	6.97	0.2453	0.8476	7.733	2.4246	2.2572	0.1812	0.666	-0.223	-0.031	-0.2301	0.4527	0.5671	-0.1079	0.1387	0.3902	0.0663	0.0124	0.3407	-0.0359	0.3102	3.638	-1.671	-12.064
5	4.691	-1.023	1.338	3.7585	-0.5348	4.4159	-0.0705	0.8445	0.8241	-1.1499	-0.1876	0.1066	-1.2816	0.0259	0.2718	0.8122	0.0758	-0.1281	0.524	0.1177	0.4127	10.368	40.658	-30.311
6	1.5404	1.0408	1.1584	1.645	0.5224	3.1913	-0.0354	0.1475	0.1388	-0.0511	0.0225	0.1287	-0.1452	-0.0868	0.0384	0.0997	0.0284	0.0029	0.2067	0.0018	0.2198	11.707	31.227	-9.36
7	1.4274	0.3539	-0.9863	3.8988	0.4104	1.2126	-0.1875	-0.7206	-0.9681	-0.0202	0.3354	0.5156	0.2388	-0.2582	-0.0728	0.3471	-0.0288	-0.0149	0.4796	0.1738	0.4805	4.204	18.378	-35.743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 24:113 )	A	24 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 114:236 )	A	114 - 236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 237:286 )	A	237 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 287:308 )	A	287 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 21:113 )	B	21 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 114:237 )	B	114 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 238:308 )	B	238 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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