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- PDB-8gvg: The complex between public TCR TD08 and HLA-A24 bound to HIV-1 Ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gvg
タイトルThe complex between public TCR TD08 and HLA-A24 bound to HIV-1 Nef138-8 (2F) peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • TD08 TCR alpha chain
  • TD08 TCR beta chain
  • mutated 8-mer peptide from Protein Nef
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex structure / Public TCRs / T cell immunity / Nef138-8 (2F) epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Gao, G.F. / Shi, Y. / Ma, K. / Chai, Y. / Guan, J. / Qi, J. / Tan, S. / Dong, T. / Iwamoto, A. / Kawana-Tachikawa, A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2021YFC2300700 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2022
タイトル: Molecular Basis for the Recognition of HIV Nef138-8 Epitope by a Pair of Human Public T Cell Receptors.
著者: Ma, K. / Chai, Y. / Guan, J. / Tan, S. / Qi, J. / Kawana-Tachikawa, A. / Dong, T. / Iwamoto, A. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TD08 TCR alpha chain
B: TD08 TCR beta chain
H: MHC class I antigen
L: Beta-2-microglobulin
P: mutated 8-mer peptide from Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9915
ポリマ－95,9915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area39010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.035, 71.035, 383.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 TD08 TCR alpha chain


分子量: 23132.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 TD08 TCR beta chain


分子量: 28271.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31683.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IQZ4
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#5: タンパク質・ペプチド mutated 8-mer peptide from Protein Nef


分子量: 1024.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane (pH 7.5), 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.36→50 Å / Num. obs: 16829 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 94.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 22.933
反射 シェル解像度: 3.36→3.48 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 5.539 / Num. unique obs: 16829 / Rsym value: 0.968 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VXM

3vxm


解像度: 3.37→40.94 Å / SU ML: 0.918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 48.5006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3199 818 5.19 %
Rwork0.2993 14949 -
obs0.3004 15767 93.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 148.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→40.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6655 0 0 0 6655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50469262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0397960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.79862504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.37-3.580.65921430.62752179X-RAY DIFFRACTION84.87
3.58-3.850.54121340.53452237X-RAY DIFFRACTION85.78
3.85-4.240.37981340.39962319X-RAY DIFFRACTION88.49
4.24-4.850.28391280.25762639X-RAY DIFFRACTION99.6
4.85-6.110.26221260.2632724X-RAY DIFFRACTION99.96
6.11-40.940.23491530.21912851X-RAY DIFFRACTION99.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86888159130.304430140768-0.3463779646643.00326594823-0.191883013943.705604637290.2165868435950.2832325063740.490290772734-0.754311419733-0.1842981190790.246828331176-0.6649686598810.2557265127520.04618076565080.8619911679590.180546181964-0.004210603086230.8220749827090.1870382189610.926810681791-9.686387317633.870886391870.468286345414
21.5789494988-0.7480040098160.0767418202061.76842603253-0.2456163451352.754160402160.375691622547-0.1290954068020.9924334211960.543789197581-0.1883111363010.171304182502-1.967081130990.244269985912-0.0349000623571.921281983350.07251037181720.2068359817460.9231835691550.05681341001461.41509414381-12.266998681916.979864970114.6832818433
30.9094975031942.042720672430.4685661077494.607351650361.049577089480.234252323032-0.171230878989-0.522496767778-1.645342376291.22810198355-0.313945179659-0.519478088209-1.648304908840.8100084236930.4250345096660.8804710756380.552521881790.1527112129981.949632602140.3958935371210.920260536949-19.3451504074-13.044829282636.855489641
40.860435745537-0.7747369807111.720410149522.25096105995-1.711594734233.017403237990.250797756498-0.323922075816-0.3879302805620.04843102624350.1578032141130.3125458906810.2076173855910.0476010238319-0.3757536909490.87458385532-0.008513943556370.009260974850651.229634894540.1333460357671.07731091451-14.9628175052-26.220885469849.886174979
53.35298451479-0.03628170329970.6851849511761.19458457421-0.1125154379822.21416568866-0.067015210263-0.607842351658-0.1449730854630.8646808662040.2015485956560.102480329175-0.427989000868-0.523733218429-0.1119135774031.234688005130.158770494805-0.04299132723761.558550508230.1926325220451.09671141828-12.2053209228-21.43330517368.0095564717
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA3 - 2051 - 203
22chain BBB4 - 2451 - 240
33chain PPE1 - 81 - 8
44chain HHC1 - 2741 - 274
55chain LLD1 - 991 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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