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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gvb | ||||||
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タイトル | The complex between public TCR TD08 and HLA-A24 bound to HIV-1 Nef138-8 peptide | ||||||
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機能・相同性 | ![]() antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, G.F. / Shi, Y. / Ma, K. / Chai, Y. / Guan, J. / Qi, J. / Tan, S. / Dong, T. / Iwamoto, A. / Kawana-Tachikawa, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis for the Recognition of HIV Nef138-8 Epitope by a Pair of Human Public T Cell Receptors. 著者: Ma, K. / Chai, Y. / Guan, J. / Tan, S. / Qi, J. / Kawana-Tachikawa, A. / Dong, T. / Iwamoto, A. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 381.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 278.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gvgC ![]() 8gviC ![]() 3vxmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23132.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28271.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 31683.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1040.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.06 M divalent ions (MgCl2, CaCl2), 0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Bicine (pH 8.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月27日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 19722 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 70.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 19.031 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.318 Å / Rmerge(I) obs: 2.172 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 19722 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3VXM 解像度: 3.2→35.01 Å / SU ML: 0.4472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3314 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→35.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.0160272028 Å / Origin y: 6.86517231683 Å / Origin z: 31.0580074944 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |