PDB-8gv4: A human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-speci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gv4

タイトル

A human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody PN-SIA28

要素

PN-SIA28 heavy chain
PN-SIA28 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Influenza / hemagglutinin / antibody / broadly neutralizing

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for a human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody including H17/18 subtypes.
著者: Chen, Y. / Wang, F. / Yin, L. / Jiang, H. / Lu, X. / Bi, Y. / Zhang, W. / Shi, Y. / Burioni, R. / Tong, Z. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2022年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gv4.cif.gz	382 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gv4.ent.gz	277.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gv4_validation.pdf.gz	378.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gv4_full_validation.pdf.gz	384.4 KB	表示
XML形式データ	8gv4_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	8gv4_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wvdC 7wvgC 7wviC 8gv5C 8gv6C 8gv7C 5gjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PN-SIA28 heavy chain

B: PN-SIA28 light chain

C: PN-SIA28 heavy chain

D: PN-SIA28 light chain

96.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PN-SIA28 heavy chain

B: PN-SIA28 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PN-SIA28 heavy chain

D: PN-SIA28 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.560, 86.361, 82.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	PN-SIA28 heavy chain 分子量: 24400.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PN-SIA28 light chain 分子量: 24046.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.0, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.03906 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03906 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 36196 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 7086

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GJS

5gjs

解像度: 2.5→42.14 Å / SU ML: 0.2392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	1810	5 %
R_work	0.1949	34357	-
obs	0.1967	36167	97.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6628	0	0	269	6897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	6788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6555	9234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8434	2418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.55	0.2905	100	0.2613	1993	X-RAY DIFFRACTION	73.59
2.55-2.62	0.2786	152	0.2485	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.62-2.71	0.2742	156	0.246	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.81	0.3031	153	0.2443	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.81-2.92	0.2903	146	0.2501	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.05	0.2772	137	0.2231	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2872	121	0.2163	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.41	0.2201	127	0.2043	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.41-3.68	0.2361	124	0.1894	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.2404	147	0.179	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.05-4.63	0.1788	148	0.1493	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.63-5.83	0.1694	159	0.1563	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.83-42.14	0.1907	140	0.1767	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.620869354441	-0.200724065105	0.510095882547	0.434796826218	0.486339711183	3.01621050578	0.00936595231805	-0.0649116699072	-0.0504693269885	0.0250471693101	-0.0593789113795	0.0610213518671	0.0583081454962	-0.302942914247	0.0388406866147	0.143937368243	-0.0185173777652	0.0258825112511	0.267528275408	-0.0198893119408	0.226312150319	11.4560835524	-11.3847728233	22.7124387164
2	1.23392528178	0.0571535507695	0.763400512489	0.449777494821	0.281091582791	2.01776940587	-0.0421917062218	0.0458444680352	0.0608738601005	-0.0554127392756	-0.0367353685922	0.0184244166859	-0.178085606678	-0.0579301096838	0.0795397088191	0.169739549118	0.0126327849781	0.0209105496049	0.168215225758	0.0107559110156	0.23367232573	26.4885003693	-1.62994671065	22.8185088026
3	0.815455419851	-0.255447914296	0.504971751936	0.596437092414	-0.166867896657	2.8776148478	0.0379292471183	0.14559805231	-0.0164109223961	-0.0605871582257	-0.0177147777992	-0.0467729904086	0.0535186517535	0.0788072871021	-0.0209256898156	0.141330775298	0.0116705691851	0.0125905758191	0.14937242067	-0.0109981721199	0.220450228656	60.2206499182	-18.1137679631	34.3349845439
4	1.03509514354	0.0892641625556	0.816527493196	0.400957692497	0.122315600865	1.66072834627	-0.0203933802577	0.0873674301187	0.000665238650502	-0.0313849342613	0.0154090012073	0.0467533880444	-0.0297074399414	0.00949316814629	-0.0064718092193	0.154491914655	0.0167012993635	0.0254289488369	0.151949034043	-0.00106357255707	0.20341319591	49.1625683844	-4.42138152876	31.0509201945

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A	A	A	1 - 226	1 - 226
2	2	chain B	B	B	1 - 214	1 - 214
3	3	chain C	C	C	1 - 226	1 - 226
4	4	chain D	D	D	1 - 214	1 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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