PDB-8guo: Crystal structure of the nuclease domain of EsaD in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8guo

タイトル

Crystal structure of the nuclease domain of EsaD in complex with EsaG from Staphylococcus aureus

要素

Type VII secretion system protein EsaG
Type VII secretion system protein EssD

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / TOXIN ANTITOXIN / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59395167886 Å

データ登録者

Zhang, Z.M. / Wang, Y.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A toxin-deformation dependent inhibition mechanism in the T7SS toxin-antitoxin system of Gram-positive bacteria.
著者: Wang, Y. / Zhou, Y. / Shi, C. / Liu, J. / Lv, G. / Huang, H. / Li, S. / Duan, L. / Zheng, X. / Liu, Y. / Zhou, H. / Wang, Y. / Li, Z. / Ding, K. / Sun, P. / Huang, Y. / Lu, X. / Zhang, Z.M.

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8guo.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8guo.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8guo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8guo_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8guo_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	8guo_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	8guo_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8gunC 8gupC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type VII secretion system protein EsaG

B: Type VII secretion system protein EssD

38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.776, 111.776, 171.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Type VII secretion system protein EsaG 分子量: 19618.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: essG, esaG, SAOUHSC_00269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G178
#2: タンパク質	Type VII secretion system protein EssD / Nuclease toxin EssD 分子量: 19216.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: essD, esaD, SAOUHSC_00268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G179
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 12% PEG6000, 0.15M NaCl, 10% Ethylene glycol, 0.5% Tacsimate pH 7.0, 1.0% PEG5000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97869 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 16955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / CC_1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 16953 / CC_1/2: 0.984

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.59395167886→23.1360929682 Å / SU ML: 0.275489545734 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41322623495 / 位相誤差: 23.0841738868

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22573768119	1706	10.0625221187 %
R_work	0.206017262792	15248	-
obs	0.208013796011	16954	98.7707544422 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.2137578934 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59395167886→23.1360929682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2103	0	0	121	2224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00317111760284	2154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734952939118	2906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0296562483786	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00314344347081	372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1004629862	803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.594-2.6702	0.297693573464	127	0.238688691765	1230	X-RAY DIFFRACTION	97.7665706052
2.6702-2.7562	0.28829655119	150	0.245749035632	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7562-2.8546	0.290872685087	152	0.233432479959	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.9291282778
2.8546-2.9686	0.259039497224	128	0.246063676092	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.9287241625
2.9686-3.1034	0.276622583765	146	0.261322341124	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.8577524893
3.1034-3.2666	0.25247122466	142	0.229494540817	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.7165131113
3.2666-3.4707	0.236489984911	134	0.217638035109	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.8588567396
3.4707-3.7376	0.234515274575	154	0.193648205492	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.7902097902
3.7376-4.1119	0.223965127976	140	0.192114564146	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.5795374912
4.1119-4.7025	0.141681837996	142	0.164608448524	1289	X-RAY DIFFRACTION	98.8942639945
4.7025-5.9083	0.187340107799	140	0.180871301291	1288	X-RAY DIFFRACTION	97.6076555024
5.9083-10	0.222484986802	151	0.199536541431	1292	X-RAY DIFFRACTION	93.0367504836

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.13152036983	-0.827398699301	-0.542171644867	1.3434683901	0.918874531597	2.8197612564	-0.165148925359	0.301278644	-0.154458633732	-0.0459106630404	-0.105800187291	0.21731193271	0.0137283975428	-0.273308506526	0.260426576914	0.281716758471	-0.0249606645954	0.073961117154	0.342699410903	-0.00625306958123	0.28451857233	153.261288006	141.367334804	189.096108731
2	1.62445098115	0.568686808397	-0.090352808614	2.40762207081	-0.663637949801	1.53670975763	-0.101682724882	0.124971773165	0.0964824985176	0.654181706232	0.0570398478289	0.181604943372	-0.200228767634	-0.132693474627	0.0154875599493	0.337158756571	0.00470051756173	0.0644666002355	0.262780725563	-0.0202456897928	0.273722401539	152.968896577	147.296969217	202.207977104
3	2.29384956315	-1.5541120909	-1.23057500084	2.08643023796	0.433136966596	1.92503644947	-0.352551225747	0.195243509775	-0.58542273877	0.341473527121	-0.117313393932	0.334220253613	0.634851571022	-0.29146973246	0.361289542809	0.304818678638	-0.0668363202303	0.0782155574731	0.296009478486	-0.0237698648462	0.318966928423	152.464270811	132.84504318	194.912519843
4	1.96607903706	-1.7807293038	0.424137508938	2.59156573621	-0.372314942396	1.26057627535	0.178948184818	0.270547822732	-0.0352696468746	-0.153586292775	-0.261333870414	0.0116220446039	0.184263855223	0.0251340020292	0.100351990323	0.328573211348	-0.0291264944364	0.0683492520392	0.251387130212	0.0164386494874	0.28310645284	162.251189782	136.245496305	188.060732114
5	6.57100799171	-2.04820596386	-0.281824475282	1.33287061693	0.5525824172	2.05662379175	-0.645725817253	0.886168372855	0.753640020933	0.617682530492	-0.000471995367589	-0.741252730668	-0.490267226296	0.139919737463	0.415016201515	0.431988280132	-0.0620615856287	-0.00245629751471	0.298880441834	0.0739034503525	0.213485949712	159.43144525	146.442884659	186.477184703
6	1.16664134584	-0.111735836415	0.266892128929	0.976279021185	0.241208461139	4.45548150884	-0.307787953795	-0.06939066919	-0.543102641818	-0.0225935426473	-0.307428374839	-0.25781074113	1.4308071705	0.446746865373	0.260835479256	0.409625503619	0.0329567643168	0.0799390833411	0.348119068303	0.0755844901566	0.429949178793	171.493271505	131.708350158	199.982477027
7	1.99271117685	-0.971292728191	0.386411187839	0.912953766525	-0.930255050972	3.09869193139	-0.193984718485	-0.161266691107	0.20594826722	-0.691422622268	-0.0267437407651	-0.530229472194	0.139363157208	0.105474089937	0.167439259577	0.357863932807	-0.0836917157831	0.0750978491309	0.335419662665	-0.000437050486622	0.408871015526	167.882144738	144.096083841	201.894952106
8	4.52714995534	-0.780028859298	4.95549867717	4.49119653753	-3.84334472842	7.50432140455	-0.762533226224	-0.775678092123	1.22816065915	0.702682987312	-0.421816052139	-0.27698126033	-1.19061554388	0.314432599546	1.00625636312	0.475496230723	-0.0438821878994	0.00865224696233	0.476812737161	-0.0372865545721	0.46222501112	168.844910234	151.18407635	206.858779476
9	3.57047757236	0.218756896416	-0.689521094035	2.16566097684	-0.79503734097	2.27330348488	0.125303583977	-0.284490161804	0.259945330085	0.190852777667	-0.344655394403	-0.396610436606	-0.206514566249	0.264090413026	0.346363564798	0.32463426245	-0.0276586391122	-0.0389963295459	0.447830768715	0.0757659468233	0.355389685912	177.116412458	141.14394221	205.274103677
10	4.08101433128	-1.86437621409	0.926053130839	1.43142608883	-0.727617984846	1.65246590921	-0.0368128278267	0.265601756162	0.170603968118	-0.0202227956668	-0.219582710502	-0.362990685321	0.228995345252	0.0166081562163	0.131089718312	0.383457174879	0.0430476501087	0.0913428927778	0.416669106327	-0.0193246126699	0.277573533315	167.925521739	138.417177166	177.049496475
11	2.59196449248	0.0298131120455	-1.69186070282	3.00377239482	0.276769620346	1.40895404098	-0.132240562145	0.580431940584	0.43571382399	-0.305580838689	-0.145193926063	-0.239580151593	-0.0213817858778	-0.100145834907	0.217302746827	0.350508296329	0.00712708205362	0.0813615030035	0.283127223812	-0.0448649229876	0.225480799267	159.689697701	142.614306427	184.039700707
12	2.59944797581	1.14033615083	-0.348170554221	2.00508395066	-0.431127157601	1.84039369011	-0.144180470159	-0.517980639714	-0.0299653301974	0.459404179684	0.182557792557	-0.282584859503	0.142343388301	0.973031681363	0.146468017107	0.42596725575	0.0221458838568	0.0449589229849	0.490836830077	0.122529922375	0.372974375894	164.875502823	134.422424134	215.305465253
13	2.09949866599	0.95069736374	0.338573073614	2.75722365493	2.13858426332	3.86681823409	-0.772341957268	0.30816033803	-0.16276273259	-0.677528474193	0.443469698695	0.389721410268	0.431323069314	0.130500315083	0.289508603871	0.649612408387	-0.00437631598603	0.121556263607	0.466444004473	0.135467528267	0.46507440212	150.021514109	123.983110586	207.417774006
14	2.59108798555	-0.585511886924	0.960860184278	3.37110342805	-0.315437086868	1.20417905313	0.155645312047	-0.230989475743	-0.131391130866	-0.151151767249	-0.423122739793	-0.490127036989	0.100956546237	-0.0910138225895	0.0421317153963	0.421632528073	0.00817543289926	0.120081929835	0.321752248411	0.0674157856523	0.294841018205	156.234843731	132.900755819	208.103385526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 115 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 138 through 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 470 through 491 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 492 through 558 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 559 through 580 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 581 through 593 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 594 through 614 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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