PDB-8gun: Crystal structure of mutant H528A of EsaD from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gun

タイトル

Crystal structure of mutant H528A of EsaD from Staphylococcus aureus

要素

Type VII secretion system protein EssD

キーワード

TOXIN

機能・相同性

Pre-toxin TG domain / Pre-toxin TG / : / Type VII secretion system protein EssD-like / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / extracellular region / plasma membrane / Type VII secretion system protein EssD

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.30001380765 Å

データ登録者

Zhang, Z.M. / Wang, Y.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A toxin-deformation dependent inhibition mechanism in the T7SS toxin-antitoxin system of Gram-positive bacteria.
著者: Wang, Y. / Zhou, Y. / Shi, C. / Liu, J. / Lv, G. / Huang, H. / Li, S. / Duan, L. / Zheng, X. / Liu, Y. / Zhou, H. / Wang, Y. / Li, Z. / Ding, K. / Sun, P. / Huang, Y. / Lu, X. / Zhang, Z.M.

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gun.cif.gz	180.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gun.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8gun_validation.pdf.gz	577.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gun_full_validation.pdf.gz	576.9 KB	表示
XML形式データ	8gun_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8gun_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gun	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8guoC 8gupC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type VII secretion system protein EssD

B: Type VII secretion system protein EssD

ヘテロ分子

40.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Type VII secretion system protein EssD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Type VII secretion system protein EssD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.548, 106.548, 151.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-820- HOH
2	1	A-832- HOH

#1: タンパク質	Type VII secretion system protein EssD / Nuclease toxin EssD 分子量: 20443.982 Da / 分子数: 2 / 変異: H528A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: essD, esaD, SAOUHSC_00268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G179
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M (CH3COO)2Mg, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97869 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→95.9 Å / Num. obs: 35443 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 45.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / Num. unique obs: 2713 / CC_1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.30001380765→87.0690961637 Å / SU ML: 0.310593382641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35591409123 / 位相誤差: 24.0208219094

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232966712844	3527	9.95118923342 %
R_work	0.181167088404	31916	-
obs	0.186331060641	35443	95.8825916407 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.002301635 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.30001380765→87.0690961637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2639	0	2	65	2706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026938288143	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.603935093871	3624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0237569489304	376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00336477477239	473
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4522919269	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.3315	0.329024248134	146	0.263058286413	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3315-2.3648	0.32348706225	141	0.254831939136	1339	X-RAY DIFFRACTION	99.9324780554
2.3648-2.4001	0.357650390022	143	0.260486933764	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4001-2.4376	0.285343642595	145	0.252854089658	1325	X-RAY DIFFRACTION	99.5260663507
2.4376-2.4776	0.276612472588	150	0.246616549562	1354	X-RAY DIFFRACTION	99.800928998
2.4776-2.5203	0.264257960917	149	0.240141705544	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5203-2.5662	0.304679398962	145	0.251391773716	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5662-2.6155	0.266611982605	145	0.232279933399	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6155-2.6689	0.291830217685	124	0.223774297566	1114	X-RAY DIFFRACTION	94.5038167939
2.6689-2.727	0.298161436835	118	0.218532326666	1069	X-RAY DIFFRACTION	91.237509608
2.727-2.7904	0.269202646106	150	0.206034515672	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7904-2.8602	0.259094190369	134	0.197163913394	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8602-2.9375	0.275738348325	155	0.19404482411	1371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9375-3.024	0.268924689622	142	0.219088698087	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.1216	0.233101336853	155	0.204912331647	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1216-3.2331	0.26838402989	148	0.203842745609	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2331-3.3626	0.235933445362	154	0.1829878996	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3626-3.5156	0.263615752379	139	0.193376314514	1132	X-RAY DIFFRACTION	87.0547945205
3.5156-3.701	0.25955596403	88	0.184542246021	869	X-RAY DIFFRACTION	64.2713230356
3.701-3.9329	0.1805404223	133	0.157113409006	1122	X-RAY DIFFRACTION	83.7783711615
3.9329-4.2365	0.212229876161	148	0.149508131022	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2365-4.6628	0.156029330001	158	0.134497688008	1303	X-RAY DIFFRACTION	99.7269624573
4.6628-5.3375	0.175376416088	147	0.152800524202	1363	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3375-6.7243	0.244505823703	134	0.161109551812	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7243-10	0.23199215725	136	0.171534677894	1333	X-RAY DIFFRACTION	98.3266398929

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.58796548609	1.85995673155	-3.00919984185	4.54338234403	-3.72126769456	7.66923472468	-0.22294395177	-0.306951536892	-0.0829803804383	-0.292471275901	0.631270435421	-0.531969912565	0.0588576408808	-0.067070659361	-0.525733462838	0.663282301992	-0.301265203259	-0.0589883352895	1.27560325614	-0.0798599037399	0.716080984715	1.37730859656	40.5382247852	-9.42884104241
2	6.71896400418	0.538178667409	4.67044753534	4.61579498688	5.76696892299	9.67123106969	0.310181050095	-0.313137491829	0.0360843725247	-0.289389854819	-0.688575242019	0.123171223712	-1.88306235557	0.474432300558	-0.0431169217553	0.843386115542	-0.450883594829	-0.0836444823824	0.586734482807	0.173575700207	0.646091776831	-8.2787774113	50.2942986	-23.9195850161
3	3.29584821952	1.00892012788	-0.617589990933	2.86058837548	-0.326440839349	1.70665049335	-0.156146987009	-0.181760430947	0.0120360542082	-0.0736904982265	-0.0134988873558	-0.0203452501398	-1.10117015943	1.43438147892	-0.0357196347203	0.549530228597	-0.329160414278	-0.0917862443505	0.831711303025	0.119263976808	0.513265740773	-5.1893287207	43.1470571359	-18.141254998
4	1.13222377944	0.825242656858	-1.96492635687	3.69768423278	-2.05605444134	3.67805315395	-0.0466681586471	-0.0241914148481	0.0452664226898	0.367062159205	-0.0212514418768	0.102730447973	-0.831950786591	0.75079755607	0.091221519053	0.396968763476	-0.229417988262	0.0708095591705	0.711214766926	-0.0268014439764	0.53330923703	-11.5969199816	37.0456460395	-12.2011621241
5	4.87934913668	-5.05845216302	-2.60486021796	5.31917101704	3.26250529089	8.56711855927	0.563528971261	1.45211785521	0.0879934649207	-1.96231861041	-0.419046919112	0.421524141889	-1.31296567251	0.518328626372	-0.0550415176009	0.921760899006	-0.23057639961	-0.0795483790696	0.797317358537	0.0755265741554	0.614033245347	-13.7695988504	37.8323325132	-33.853747139
6	2.91164136767	1.65415803873	-0.38234407249	3.85677969572	1.23818183274	6.22150099014	-0.216234929561	0.378199052219	0.137693271488	-0.5513683506	-0.0331971848145	0.483696797562	-0.561265782229	0.302854159174	0.259298257402	0.382080064166	-0.131165692278	-0.0783728323152	0.46659579732	0.0766767432796	0.438383984514	-16.1491770934	35.4542955269	-23.6627257529
7	3.7559677104	2.34840746878	0.627709903865	4.84334198491	1.0139756907	5.9829952012	-0.386566703776	0.570367705837	-0.323574372443	-0.402877169332	0.131763085975	-0.0590826719799	0.542342938052	0.575830111292	0.302278376114	0.349343675123	-0.0685871393451	0.0832567029769	0.450103658461	-0.00715173287021	0.435346142222	-16.5719261282	24.8129643715	-25.9789707159
8	2.85151055704	0.192752821022	-3.48118520811	0.0540058278746	-0.376499390617	8.71033999952	0.0632018604643	-0.104108147878	0.168064455106	-0.0852979148027	-0.0207691855441	-0.1267694902	0.273096326631	0.393994728699	0.028954562158	0.496664449553	-0.111825463525	0.0490760493907	0.40466521215	0.0420991713203	0.527323145986	-18.3014227126	25.4208564985	-12.6984427156
9	5.70618620424	3.39031309216	-3.68799899889	3.54369772861	-2.35897014176	8.32626057328	-0.183596575952	-0.885621800823	-0.500551055319	0.0916818840549	-0.425040105122	-0.450424253695	0.451080295619	1.48497863658	0.629374231145	0.43648256391	-0.0828129765845	0.00757812658957	0.598651980176	0.130313054042	0.44280216099	-9.71137863294	30.7923111764	-8.79478789522
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 444 through 453 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 454 through 471 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 472 through 491 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 492 through 509 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 510 through 519 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 520 through 542 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 543 through 558 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 559 through 572 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 573 through 585 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 586 through 602 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 603 through 614 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 445 through 461 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 462 through 491 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 492 through 528 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 529 through 558 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 559 through 572 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 573 through 585 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 586 through 602 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 603 through 614 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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