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Yorodumi- PDB-8gul: Chitin-active AA10 LPMO (GbpA) complexed with Cu(II) from Vibrio ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gul | ||||||
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Title | Chitin-active AA10 LPMO (GbpA) complexed with Cu(II) from Vibrio campbellii | ||||||
Components | GlcNAc-binding protein A | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / LPMO / Chitin degradation / Cu(II)-dependent enzyme. | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | ||||||
Authors | Zhou, Y. / Robinson, R.C. / Suginta, W. | ||||||
Funding support | Thailand, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Structural and binding studies of a new chitin-active AA10 lytic polysaccharide monooxygenase from the marine bacterium Vibrio campbellii. Authors: Zhou, Y. / Wannapaiboon, S. / Prongjit, M. / Pornsuwan, S. / Sucharitakul, J. / Kamonsutthipaijit, N. / Robinson, R.C. / Suginta, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gul.cif.gz | 401.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gul.ent.gz | 279.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gul.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gul | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8gumC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
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-Components
#1: Protein | Mass: 51182.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (bacteria) Strain: ATCC BAA-1116 / Gene: gbpA, VIBHAR_04739 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A7N3J0 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density meas: 0.012 Mg/m3 / Density % sol: 66.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.0M Ammonium sulfate, 0.1M ADA buffer, pH 7.0 / PH range: 6.5-7.5 / Temp details: Incubater |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 0.99984 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2022 |
Radiation | Monochromator: Cu filter / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→30 Å / Num. obs: 52161 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 52.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 29.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2166 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 1.31 / % possible all: 84.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Alphafold2 Resolution: 2.44→29.78 Å / SU ML: 0.3364 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.7911 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→29.78 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.312887558753 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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