PDB-8gul: Chitin-active AA10 LPMO (GbpA) complexed with Cu(II) from Vibrio ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gul

タイトル

Chitin-active AA10 LPMO (GbpA) complexed with Cu(II) from Vibrio campbellii

要素

GlcNAc-binding protein A

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LPMO / Chitin degradation / Cu(II)-dependent enzyme.

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Zhou, Y. / Robinson, R.C. / Suginta, W.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and binding studies of a new chitin-active AA10 lytic polysaccharide monooxygenase from the marine bacterium Vibrio campbellii.
著者: Zhou, Y. / Wannapaiboon, S. / Prongjit, M. / Pornsuwan, S. / Sucharitakul, J. / Kamonsutthipaijit, N. / Robinson, R.C. / Suginta, W.

履歴

登録	2022年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gul.cif.gz	406 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gul.ent.gz	279.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8gul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gumC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GlcNAc-binding protein A

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, Apo-LPMO titrated with CuSO4 solution by ITC

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.433, 113.433, 213.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 289 through 291 or resid 321 through 390))
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 289 through 390)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ILE	ILE	SER	SER	A	A	289 - 291	289 - 291
d_1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	321 - 390	321 - 390
d_2	1	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	289 - 390	289 - 390

#1: タンパク質	GlcNAc-binding protein A 分子量: 51182.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア) 株: ATCC BAA-1116 / 遺伝子: gbpA, VIBHAR_04739 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7N3J0
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / Density meas: 0.012 Mg/m³ / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0M Ammonium sulfate, 0.1M ADA buffer, pH 7.0 / PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: Incubater

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月21日
放射	モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→30 Å / Num. obs: 52161 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 26.2 % / B_iso Wilson estimate: 52.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 2.44→2.48 Å / R_merge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2166 / CC_1/2: 0.454 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 1.31 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	v 1.19.2	モデル構築
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.44→29.78 Å / SU ML: 0.3364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7911
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	2598	4.99 %
R_work	0.2045	49444	-
obs	0.2063	52042	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6408	0	7	209	6624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	6570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4706	8957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423	958
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1322	2356

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.312887558753 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.49	0.3953	132	0.3473	2140	X-RAY DIFFRACTION	83.78
2.49-2.53	0.297	148	0.2918	2511	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.53-2.59	0.3397	135	0.2672	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.59-2.64	0.3221	143	0.2597	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.7	0.2727	141	0.2386	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.2901	156	0.2467	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2846	132	0.2477	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.93	0.301	104	0.2508	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.02	0.2433	139	0.2469	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.13	0.2909	127	0.2364	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.26	0.2947	120	0.2295	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.4	0.2372	138	0.2217	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.58	0.2766	129	0.2132	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.81	0.2425	140	0.1949	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.1	0.2508	145	0.1882	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.51	0.1814	138	0.1648	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-5.16	0.1896	132	0.1583	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.16-6.49	0.1952	140	0.1828	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.49-29.78	0.2174	159	0.1925	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.99398079776	-0.430271135758	-0.18528332816	1.85870157197	-0.0413946687169	2.13764888716	0.0588028169133	0.356806397398	-0.658207363947	-0.089784766623	-0.192480467732	0.244768897014	0.0934772474006	-0.188037452655	-0.0390601157376	0.179954166777	-0.0200255912887	-0.00602766939922	0.900923233033	-0.35933452049	0.621073656552	21.1058492982	19.73636173	-40.4261526843
2	4.14976761927	0.62114569987	-0.699207484166	-0.0755284738711	-0.257685231853	0.487479184653	-0.163448946385	0.528313502745	-0.890388839713	0.00280295556192	0.0241973664778	-0.103216974522	0.0930451576408	-0.118303404967	-0.0115786519394	0.373496770697	-0.00768598383047	0.0421044160469	0.839504391966	-0.306314168941	0.763733111777	-3.91996298527	16.6520971398	-32.2046389419
3	3.84266348963	1.85802742619	1.99232909712	2.76959051953	3.87331993362	4.66448472658	0.361796153056	-0.218513017574	-0.179763935645	0.873501523812	0.286354928541	-0.596992314412	0.170018783976	0.139092993238	0.00287661939466	0.585301311466	0.05795042046	-0.144109535842	0.797381538728	-0.176352624601	0.587673635149	6.63742675947	47.8654067517	-7.68405116001
4	0.983731873062	-0.92002929949	0.314544472113	0.912812878147	0.259026307617	0.608751014412	0.0426749511289	0.957132723849	-0.101350668777	-1.03251161668	-0.0780585301896	0.369423118365	-0.377825673576	-0.259972493464	8.70014751263E-5	1.6733369143	-0.0853960909845	0.0480249249789	0.780084433496	-0.0634804481025	0.628053189165	24.264433741	86.3698197571	-9.62210276703
5	1.87965044308	0.597444213783	0.751317623019	2.7860881452	1.43776327759	2.01783625856	-0.221419919536	0.442601748218	0.103073523792	-0.521926668494	0.162777369718	0.00263015935598	-0.414036655597	-0.0418684440417	0.000141495623477	0.370282081764	-0.0157325464712	-0.0214748175728	0.807924830457	-0.0782731095408	0.402521033641	-5.26777512588	42.9608139943	-33.1265824713
6	4.89311855796	-0.884907498895	0.392688873545	0.00183594075518	-0.0962775152422	0.290612152704	-0.1368583872	-0.0773863675299	0.641822698501	0.00127912589531	0.141196930275	-0.181783007162	-0.0790356716429	-0.0779308867336	-0.00317572622302	0.342595850833	0.0316286356185	-0.00758799088	0.883452086537	-0.227906732471	0.615924030302	19.8574851845	42.9039300858	-26.5031445667
7	0.0560531585235	0.629628396157	-0.393579945563	0.751813364605	-0.537709489227	0.448225663089	0.4357781034	-0.418608787936	-0.799825246301	0.733121272403	-0.193617615885	-0.478932816571	0.605066279174	-0.382686083507	7.45682453754E-5	1.10585786414	-0.158610591284	-0.0557489411186	1.61053471786	0.00785133447837	1.48253415362	11.7845233413	5.20967498013	-21.2252334169

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 163 )	A	A	1 - 163	1 - 163
2	2	chain 'A' and (resid 164 through 296 )	A	A	164 - 296	164 - 296
3	3	chain 'A' and (resid 297 through 391 )	A	A	297 - 391	297 - 391
4	4	chain 'A' and (resid 392 through 464 )	A	A	392 - 464	392 - 464
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 163 )	B	B	1 - 163	1 - 163
6	6	chain 'B' and (resid 164 through 288 )	B	B	164 - 288	164 - 288
7	7	chain 'B' and (resid 289 through 390 )	B	B	289 - 390	289 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)