PDB-8guh: Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8guh

タイトル

Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum complexed with Tris

要素

Serine palmitoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sphingolipid

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobacterium multivorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Murakami, T. / Takahashi, A. / Katayama, A. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Ikushiro, H. / Yano, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Sphingobacterium multivorum serine palmitoyltransferase complexed with tris(hydroxymethyl)aminomethane.
著者: Ikushiro, H. / Takahashi, A. / Murakami, T. / Katayama, A. / Sawai, T. / Goto, H. / Miyahara, I. / Kamiya, N. / Yano, T.

履歴

登録	2022年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8guh.cif.gz	109.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8guh.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8guh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8guh_validation.pdf.gz	831 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8guh_full_validation.pdf.gz	834.4 KB	表示
XML形式データ	8guh_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	8guh_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a2bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.321, 61.321, 208.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-744- HOH

#1: タンパク質	Serine palmitoyltransferase / SPT 分子量: 43822.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア) 遺伝子: spt, I6J33_20140, NCTC11343_02561, SPHINGO8BC_150128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-K9E / [4-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]-6-methyl-5-oxidanyl-pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 350.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 47616 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique obs: 6313 / CC_1/2: 0.956 / R_pim(I) all: 0.128 / R_rim(I) all: 0.222

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 1.65→46.031 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.17 / SU B: 2.115 / SU ML: 0.072 / Average fsc free: 0.9271 / Average fsc work: 0.9428 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	4916	10.328 %
R_work	0.1695	42685	-
all	0.174	-	-
obs	-	47601	96.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.344 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.344 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.687 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.031 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	47	456	3538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.644	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.589	7272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.575	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.688	23.503	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.164	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.241	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.125	1.355	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.122	1.352	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.662	2.027	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.662	2.03	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.916	1.621	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.916	1.622	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.899	2.326	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.898	2.327	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.588	17.944	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.587	17.954	3846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.323	270	0.254	2362	X-RAY DIFFRACTION	73.9534
1.693-1.739	0.262	319	0.219	2690	X-RAY DIFFRACTION	87.1416
1.739-1.789	0.265	344	0.199	2921	X-RAY DIFFRACTION	97.4918
1.789-1.844	0.243	337	0.192	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.9396
1.844-1.905	0.246	321	0.189	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
1.905-1.972	0.24	325	0.19	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.972-2.046	0.243	325	0.192	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
2.046-2.129	0.235	297	0.191	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.9651
2.129-2.224	0.213	310	0.171	2450	X-RAY DIFFRACTION	99.9638
2.224-2.332	0.232	245	0.172	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
2.332-2.458	0.222	259	0.161	2279	X-RAY DIFFRACTION	99.9213
2.458-2.607	0.196	232	0.155	2155	X-RAY DIFFRACTION	99.9163
2.607-2.786	0.209	247	0.155	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-3.009	0.22	225	0.156	1883	X-RAY DIFFRACTION	99.9526
3.009-3.295	0.187	208	0.151	1753	X-RAY DIFFRACTION	99.949
3.295-3.681	0.196	200	0.15	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.681-4.247	0.152	146	0.135	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
4.247-5.192	0.164	133	0.144	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.8557
5.192-7.304	0.251	105	0.2	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
7.304-46.031	0.188	68	0.185	608	X-RAY DIFFRACTION	98.6861

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)