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- PDB-8gue: Crystal Structure of narbomycin-bound cytochrome P450 PikC with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gue
タイトルCrystal Structure of narbomycin-bound cytochrome P450 PikC with the unnatural amino acid p-Acetyl-L-Phenylalanine incorporated at position 238
要素Cytochrome P450 monooxygenase PikC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Narbomycin-bound / PikC / unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NARBOMYCIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, G.B. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Gao, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000039 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872729 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Unnatural activities and mechanistic insights of cytochrome P450 PikC gained from site-specific mutagenesis by non-canonical amino acids.
著者: Pan, Y. / Li, G. / Liu, R. / Guo, J. / Liu, Y. / Liu, M. / Zhang, X. / Chi, L. / Xu, K. / Wu, R. / Zhang, Y. / Li, Y. / Gao, X. / Li, S.
履歴
登録2022年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
B: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,20722
ポリマ－94,4392
非ポリマー3,76820
水5,423301
1
A: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,24612
ポリマ－47,2201
非ポリマー2,02711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 monooxygenase PikC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,96010
ポリマ－47,2201
非ポリマー1,7419
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.465, 97.818, 141.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase PikC / Cytochrome P450 monooxygenase PicK / Narbomycin C-12 hydroxylase / Pikromycin synthase CYP107L1


分子量: 47219.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: unnatural amino acid p-Acetyl-L-Phenylalanine incorporated at position 238
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: pikC, picK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O87605, pikromycin synthase

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非ポリマー , 7種, 321分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NRB / NARBOMYCIN


分子量: 509.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H47NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH6.0, 18% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 65500 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 33.16 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.75
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 6460 / CC1/2: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BVJ

2bvj


解像度: 1.9→37.77 Å / SU ML: 0.2342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1999 3.06 %
Rwork0.201 63379 -
obs0.2025 65378 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6128 0 243 301 6672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80388916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3177930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.33661360.30514295X-RAY DIFFRACTION95.52
1.95-20.30691400.26744467X-RAY DIFFRACTION99.96
2-2.060.31321420.24654477X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.25431420.22234509X-RAY DIFFRACTION99.96
2.13-2.20.26731420.2074503X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.27171420.20624495X-RAY DIFFRACTION99.94
2.29-2.390.26981420.21214503X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.23881420.2024498X-RAY DIFFRACTION99.98
2.52-2.680.28991430.21684533X-RAY DIFFRACTION99.98
2.68-2.880.28311440.21864542X-RAY DIFFRACTION99.94
2.88-3.170.26411430.21234554X-RAY DIFFRACTION99.96
3.18-3.630.25471440.18924570X-RAY DIFFRACTION99.98
3.63-4.580.19381460.17114630X-RAY DIFFRACTION99.92
4.58-37.770.23741510.18964803X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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