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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gu4 | ||||||
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Title | Poly(ethylene terephthalate) hydrolase (IsPETase)-linker | ||||||
![]() | Poly(ethylene terephthalate) hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PETase / LYASE | ||||||
Function / homology | ![]() poly(ethylene terephthalate) hydrolase / acetylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, Y.J. / Wang, Z.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biodegradation of highly crystallized poly(ethylene terephthalate) through cell surface codisplay of bacterial PETase and hydrophobin. Authors: Chen, Z. / Duan, R. / Xiao, Y. / Wei, Y. / Zhang, H. / Sun, X. / Wang, S. / Cheng, Y. / Wang, X. / Tong, S. / Yao, Y. / Zhu, C. / Yang, H. / Wang, Y. / Wang, Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 120.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 411.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 411.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8gu5C ![]() 5xjhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29413.479 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6 / Gene: ISF6_4831 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: batch mode Details: 10 % w/v PEG 8000, 100 mM MES, Sodium Hydroxide, pH 6.0 200 mM Zinc Acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97864 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→42.46 Å / Num. obs: 37971 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 10.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 463797 / Scaling rejects: 12243 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5XJH Resolution: 1.5→27.95 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.38 Å2 / Biso mean: 15.0456 Å2 / Biso min: 0.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→27.95 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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