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- PDB-8gu0: Crystal structure of a fungal halogenase RadH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gu0
タイトルCrystal structure of a fungal halogenase RadH
要素Non-heme halogenase radH
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Flavin-dependent halogenase enzyme
機能・相同性flavin-dependent halogenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / フラビンアデニンジヌクレオチド / Flavin-dependent halogenase radH
機能・相同性情報
生物種Floropilus chiversii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Jiang, S.M. / Brown, C.J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: Further Characterization of Fungal Halogenase RadH and Its Homologs.
著者: Peh, G. / Gunawan, G.A. / Tay, T. / Tiong, E. / Tan, L.L. / Jiang, S. / Goh, Y.L. / Ye, S. / Wong, J. / Brown, C.J. / Zhao, H. / Ang, E.L. / Wong, F.T. / Lim, Y.H.
履歴
登録2022年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-heme halogenase radH
B: Non-heme halogenase radH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,01212
ポリマ－113,0462
非ポリマー2,96610
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area35270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.174, 135.174, 52.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...
21(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALA(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AA2 - 2582 - 258
12VALVALARGARG(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AA267 - 519267 - 519
13FADFADFADFAD(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AC601
14PG4PG4PG4PG4(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AD602
15PG4PG4PG4PG4(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AE603
16PG4PG4PG4PG4(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AF604
17PG4PG4PG4PG4(chain A and (resid 2 through 258 or resid 267...AG605
21SERSERALAALA(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BB2 - 2582 - 258
22VALVALLEULEU(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BB267 - 440267 - 440
23FADFADFADFAD(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BH601
24PG4PG4PG4PG4(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BI602
25PG4PG4PG4PG4(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BJ603
26PG4PG4PG4PG4(chain B and (resid 2 through 258 or resid 267...BK604

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要素

#1: タンパク質 Non-heme halogenase radH / Radicicol biosynthesis cluster protein radH


分子量: 56522.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Floropilus chiversii (菌類) / 遺伝子: radH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C5H881, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: C5H881, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, pH6.5, 40% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→49.1 Å / Num. obs: 22240 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.42→2.6 Å / Num. unique obs: 1112 / CC1/2: 0.483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3885精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E1T

3e1t


解像度: 2.42→49.09 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1197 5.39 %
Rwork0.2285 21021 -
obs0.2312 22218 60.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.17 Å2 / Biso mean: 67.1594 Å2 / Biso min: 18.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6933 0 198 187 7318
Biso mean--66.72 61.31 -
残基数----898
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4012X-RAY DIFFRACTION11.13TORSIONAL
12B4012X-RAY DIFFRACTION11.13TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.42-2.520.4362260.354642144711
2.52-2.630.3533570.319392798424
2.64-2.770.3839830.30691411149437
2.77-2.950.33951170.28991772188947
2.95-3.170.38881120.29122191230357
3.18-3.490.30721540.25632785293972
3.5-40.30732040.22383679388395
4-5.040.24472190.197738664085100
5.04-49.090.24912250.22453969419499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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