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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gtx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Tudor domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Liu, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of human Spindlin1-HBx complex 著者: Liu, W. / Li, H.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gtx.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gtx.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gtx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gtx_validation.pdf.gz | 956.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gtx_full_validation.pdf.gz | 959.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gtx_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gtx_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gtx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4mzgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24816.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: pGex-6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2248.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 % / Mosaicity: 0.39 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16%(w/v) PEG 8000, 0.04M Potassium phosphate dibasic, 20% (v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28755 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.836 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 185436 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4mzg 解像度: 1.8→46.85 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.53 Å2 / Biso mean: 23.835 Å2 / Biso min: 9.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→46.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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