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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gtm | ||||||
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タイトル | Corticotropin-releasing hormone receptor 1(CRF1R) bound with BMK-C203 by XFEL | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H.S. / Kim, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based drug discovery of a corticotropin-releasing hormone receptor 1 antagonist using an X-ray free-electron laser. 著者: Kim, H. / Lim, T. / Ha, G.E. / Lee, J.Y. / Kim, J.W. / Chang, N. / Kim, S.H. / Kim, K.H. / Lee, J. / Cho, Y. / Kim, B.W. / Abrahamsson, A. / Kim, S.H. / Kim, H.J. / Park, S. / Lee, S.J. / ...著者: Kim, H. / Lim, T. / Ha, G.E. / Lee, J.Y. / Kim, J.W. / Chang, N. / Kim, S.H. / Kim, K.H. / Lee, J. / Cho, Y. / Kim, B.W. / Abrahamsson, A. / Kim, S.H. / Kim, H.J. / Park, S. / Lee, S.J. / Park, J. / Cheong, E. / Kim, B.M. / Cho, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 818.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 827.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gtgC ![]() 8gtiC ![]() 4k5yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32685.355 Da / 分子数: 1 変異: V120A, L144A, W156A, S160A, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P34998-2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18113.703 Da / 分子数: 1 / 変異: C1052S, C1095S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: e, EcT6_00117 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A346FJK3, lysozyme |
#3: 化合物 | ChemComp-0VI / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5 詳細: 0.05M Na-Citrate(4.5), 0.06M NaCl 20~30% PEG 400(w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.278 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→56.64 Å / Num. obs: 18380 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 113.8 % / Biso Wilson estimate: 63.33 Å2 / CC1/2: 0.9811 / R split: 0.1428 / Net I/σ(I): 4.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1832 / CC1/2: 0.4896 / R split: 0.9935 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4k5y 解像度: 2.6→56.64 Å / SU ML: 0.3299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.974 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→56.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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